DerekRusso-CSDN博客

原创【Feature Selection】3 - Nested Resampling

嵌套重抽样之于特征选择

2023-07-16 10:57:26 130

原创【Feature Selection】2-Shadow Variable Search

【代码】【Feature Selection】2-Shadow Variable Search。

2023-06-19 15:03:57 125

原创【Feature Selection】1-特征递归消除 Recursive Feature Elimination

合理的特征选择（feature set selection）有时能给模型表现与解释性、简洁性带来益处。本文以gradient boosting machine和support vector machine为例展示此过程。property.’（RFE是基于重要度排序的）RFE-CV是RFE的一种变体。

2023-06-19 14:49:44 169

原创【cellrank】2-cell rank with RNA velocity

cellrank全流程

2022-11-26 22:34:15 232

原创 seurat如何批量对cluster marker做富集

seurat批量富集

2022-11-26 08:15:48 216

原创【Cellrank】1-cellrank without RNA velocity

基于转录组成熟mRNA的算法，以monocle2为代表，其结果被相当广泛的误读了。出现在一头一尾不代表必然从root分化到branch，而且目前来看monocle支持的lineage structure相对少，推断结构也不具有方向性。目前来看以cellrank为代表的RNAvelocity方法有其进步性。除了 complete pipeline from bam file，cell rank 也可接受pseudotime、相似性等矩阵作为input，减轻了步骤计算压力。官方教程https://cel

2022-11-23 15:00:56 343

原创【tricycle】Transferable Representation and Inference of Cell Cycle

细胞周期推断

2022-11-23 10:46:55 96

原创【scFEA】单细胞代谢流

转录组推断代谢流

2022-11-23 10:41:42 1533 4

原创【hdWGCNA】high dimensional WGCNA analysis for single cell datasets

high dimensional WGCNA analysis for single cell datasets (multiple conditions and samples avaliable)

2022-10-11 10:49:07 720

原创【clustermole】cell type marker database and enrichment

clustermole整合了数个数据库的cell type marker，也可以通过重叠分析、富集分析帮助细胞类型注释。

2022-09-10 10:15:10 370

原创【STREAM】在线网站拟时序分析

在线网站拟时许，同时可以分析diverging genes。stream plot比较新颖

2022-08-26 17:35:13 356

原创 Harmony integration in Seurat V3 pipeline

Harmony整合多样本单细胞数据，具有占用内存小、速度快、结果佳的优势，这在此时整合方法学普遍计算压力较大的情况下尤为珍贵。

2022-07-19 22:39:01 247

原创【ROGUE】assessing the purity of clusters

GitHub & BitBucket HTML Preview

2022-05-25 09:13:28 71

原创【miloR】differential abundance testing

miloR for DA

2022-05-23 08:45:01 486

原创【UCell】gene signature enrichment based on the Mann-Whitney U statistics

ucell单细胞打分用于注释或富集，同门作品ProjecTILs细分T细胞亚群。

2022-05-21 09:17:30 539

原创【DoubletFinder】predicts doublets in single-cell RNA sequencing data

DF

2022-04-29 09:46:59 258

原创【Scillus】single cell illustration from seurat

Scillus是Seurat体系中的wrapper包，增强了其分析与作图功能。

2022-04-28 09:32:37 171

原创【AUCell】单细胞基因集打分

AUCell单细胞维度基因集打分

2022-04-27 09:01:19 2752

原创【DoRothEA】inferring TF-target activity using mRNA expression

DoRothEA实质上是tf-target gene的数据库，证据来源有实验文献、推测等，A (highest confidence) to E (lowest confidence) 。Regulon的概念是，某个TF调控的genes的集合。DoRothEA通常用VIPER这种统计方法.DoRothEA既可以用于bulk也可以用于单细胞。if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("Bioc

2022-04-26 10:01:01 487

原创【scMetabolism】一站式代谢通路基因集打分

scMetabolism

2022-04-26 08:28:07 1928

原创【CytoTRACE】trajectory reconstruction analysis

cytoTRACE可对细胞分化状态作出定量预测并排序

2022-04-25 18:51:22 1420

原创【slingshot and tradeSeq】differential analysis between different lineages

tradeSeq包是slingshot团队开发的拟时序下游分析功能包，主要是lineage间与lineage内的差异分析。

2022-04-22 10:21:14 817

原创【cellchat】Inference and analysis of cell-cell communication-基础篇，一个condition

cellchat

2022-04-21 10:16:02 371

原创【slingshot】trajectory inference

slingshot拟时序分析

2022-04-18 18:29:59 621

原创【SCENIC】Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering

SCENIC的R语言实现

2022-04-16 16:29:56 1406

原创【CellCall】将细胞间L-R通讯与细胞内TF信号转导相结合

cellcall

2022-04-14 11:48:06 873

原创【聚类】ConsensusClusterPlus包

ConsensusClusterPlus包聚类

2022-04-08 08:49:11 3695

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