Milo | 细胞分布差异

最新推荐文章于 2025-07-15 21:38:00 发布
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分类专栏： 单细胞 文章标签： 学习方法 r语言
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Milo是一种利用KNN方法检测细胞在不同实验条件下分布差异的算法。它分析细胞的邻近关系，通过比较邻近细胞中各条件的富集情况，揭示细胞群体的条件相关性。在UMAP空间上，颜色编码显示了特定条件的细胞聚集区域。

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Milo是一个检测细胞分布在不同实验条件下差异的算法（https://github.com/MarioniLab/miloR ）。

 

主要原理：先根据KNN方法进行细胞抽样，对抽样后的细胞用KNN找它的邻近细胞，图c里面每个圈代表一个抽样的细胞，圈的大小代表临近细胞数量的多少。细胞之间的连线代表这两个细胞共享多少个邻近细胞，线越粗共享的邻近细胞数量越大，之后检验每个细胞的邻近细胞中来源于不同实验条件的细胞数量是否存在显著差异。显著富集某个条件的细胞就会标那个条件的颜色，最后看在整体UMAP空间上，哪个区域集中有某个条件的颜色，说明这个区域的细胞就在那个条件富集，与那个条件相关。

 参考文献：Nature Biotechnology, 2022, 40, 245–253.

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lo Milo是一种用于从单细胞数据集中对KNN图进行差分丰度分析的方法。 有关更多详细信息，请阅读。 安装 ## Install development version devtools::install_github("MarioniLab/miloR") 讲解 ：包括用于下游分析功能的演示。 工作流程示例 开始的Milo工作流程示例： data(sim_trajectory) milo.meta <- sim_trajectory$meta milo.obj <- Milo(sim_trajectory$SCE) milo.obj 建立图表和社区。 milo.obj <- buildGraph(milo.obj, k=20, d=30) milo.obj <- makeNhoods(milo.obj, k=20, d=30, refined=TRUE, prop=0.2) 计算
SCS【36】单细胞转录组之k-近邻图差异丰度测试(miloR)
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