Milo | 细胞分布差异

最新推荐文章于 2024-07-22 14:59:29 发布
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分类专栏： 单细胞 文章标签： 学习方法 r语言
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Milo是一个检测细胞分布在不同实验条件下差异的算法（https://github.com/MarioniLab/miloR ）。

 

主要原理：先根据KNN方法进行细胞抽样，对抽样后的细胞用KNN找它的邻近细胞，图c里面每个圈代表一个抽样的细胞，圈的大小代表临近细胞数量的多少。细胞之间的连线代表这两个细胞共享多少个邻近细胞，线越粗共享的邻近细胞数量越大，之后检验每个细胞的邻近细胞中来源于不同实验条件的细胞数量是否存在显著差异。显著富集某个条件的细胞就会标那个条件的颜色，最后看在整体UMAP空间上，哪个区域集中有某个条件的颜色，说明这个区域的细胞就在那个条件富集，与那个条件相关。

 参考文献：Nature Biotechnology, 2022, 40, 245–253.

可爱的一只帆
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miloR:Milo的R包实现用于在KNN图中测试差分丰度
04-06
lo Milo是一种用于从单细胞数据集中对KNN图进行差分丰度分析的方法。 有关更多详细信息，请阅读。 安装 ## Install development version devtools::install_github("MarioniLab/miloR") 讲解 ：包括用于下游分析功能的演示。 工作流程示例 开始的Milo工作流程示例： data(sim_trajectory) milo.meta <- sim_trajectory$meta milo.obj <- Milo(sim_trajectory$SCE) milo.obj 建立图表和社区。 milo.obj <- buildGraph(milo.obj, k=20, d=30) milo.obj <- makeNhoods(milo.obj, k=20, d=30, refined=TRUE, prop=0.2) 计算
SCS【36】单细胞转录组之k-近邻图差异丰度测试(miloR)
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IF: 27+ 基于单细胞测序揭示以 ZEB1 转录因子为主要调节因子的衰老细胞群促进软骨和半月板骨关节炎...
weixin_41368414的博客
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桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！公司英文名称：Kyoho Gene Technology (Beijing) Co.,Ltd.这期分享一篇2022年发表在2023年3月发表于 Annals of the...
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单细胞 | Milo · 细胞分布差异
生信练习生
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k：分布峰值在 50 到 100 之间，平均邻域大小超过 5 x N_samples。d：用于 KNN 细化的降维数，类似于聚类降维时选择的dims。2. 构建领域，对领域中的细胞计数。3. 定义分组，差异测试。
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