DoRothEA：人类和小鼠调控网络的集合

DoRothEA：人类和小鼠调控网络的集合

dorothea R package to access DoRothEA's regulons 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dorothea

项目介绍

DoRothEA 是一个包含人类和小鼠基因调控网络（GRN）的集合，专注于转录因子（TF）与其目标基因之间的相互作用。每个 TF-目标基因的相互作用都基于多种证据进行了精心策划，并根据支持证据的数量分配了置信度级别。这些调控网络可以与任何统计方法结合使用，从批量或单细胞转录组数据中推断 TF 活性。

项目技术分析

DoRothEA 是一个 R 包，专门用于存储这些调控网络。为了推断 TF 活性，用户可以结合使用 decoupleR，这是一个在 R 和 Python 中都可用的工具。DoRothEA 不仅支持人类数据，还扩展到了小鼠数据，并且可以应用于单细胞 RNA-seq 数据。此外，DoRothEA 还推出了一个新的基于文献的 GRN，名为 CollecTRI，提供了更广泛的覆盖范围和更好的性能。

项目及技术应用场景

DoRothEA 的应用场景非常广泛，特别是在生物信息学和基因组学领域。它可以用于：

• 基因调控网络分析：通过整合多种证据，DoRothEA 提供了高质量的 TF-目标基因相互作用数据，有助于深入理解基因调控机制。
• 转录因子活性推断：结合 decoupleR 工具，DoRothEA 可以从批量或单细胞转录组数据中推断 TF 活性，为研究基因表达调控提供了强大的工具。
• 跨物种研究：DoRothEA 不仅支持人类数据，还扩展到了小鼠数据，为跨物种研究提供了便利。

项目特点

• 多物种支持：DoRothEA 不仅适用于人类数据，还扩展到了小鼠数据，支持跨物种研究。
• 单细胞数据兼容：DoRothEA 可以应用于单细胞 RNA-seq 数据，为单细胞水平的研究提供了支持。
• 高质量数据：每个 TF-目标基因的相互作用都基于多种证据进行了精心策划，并分配了置信度级别，确保了数据的高质量。
• 易于集成：DoRothEA 作为一个 R 包，易于与其他生物信息学工具集成，如 decoupleR，提供了强大的 TF 活性推断功能。

通过这些特点，DoRothEA 为基因调控网络的研究提供了强有力的支持，是生物信息学和基因组学领域不可或缺的工具。

dorothea R package to access DoRothEA's regulons 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dorothea