NiftyReg 项目教程
1. 项目介绍
NiftyReg 是一个用于执行刚性、仿射和非线性图像配准的命令行工具集合。该项目支持 Nifti 和 Analyze 格式的图像,并且可以在 CPU 和 GPU 架构上运行。NiftyReg 的主要功能包括:
- 刚性配准:使用 Ourselin 等人提出的算法。
- 仿射配准:使用 Modat 等人提出的对称版本算法。
- 非线性配准:基于 Rueckert 等人提出的算法,并由 Modat 等人进一步实现。
NiftyReg 还包含一个名为 reg_resample
的程序,用于应用 reg_aladin
和 reg_f3d
的输出,生成变形场或雅可比映射图像。
2. 项目快速启动
2.1 安装
首先,克隆 NiftyReg 项目到本地:
git clone https://github.com/KCL-BMEIS/niftyreg.git
cd niftyreg
2.2 编译
使用 CMake 进行编译:
mkdir build
cd build
cmake ..
make
2.3 运行示例
假设你有两个 Nifti 格式的图像 image1.nii
和 image2.nii
,你可以使用 reg_f3d
进行非线性配准:
./reg_f3d -ref image1.nii -flo image2.nii -res output.nii
3. 应用案例和最佳实践
3.1 医学图像配准
NiftyReg 在医学图像处理中广泛应用,特别是在脑部图像的配准中。通过将不同时间点或不同模态的图像进行配准,可以更好地分析和比较图像数据。
3.2 图像变形分析
使用 reg_resample
工具,可以生成图像的变形场,这对于分析图像之间的几何变化非常有用。例如,可以生成雅可比映射图像来分析变形场的局部特性。
4. 典型生态项目
4.1 Nifti 库
NiftyReg 依赖于 Nifti 库来读取和写入图像。Nifti 库是一个广泛使用的医学图像格式库,支持多种图像格式的读写操作。
4.2 CUDA
对于 GPU 加速的实现,NiftyReg 使用了 NVIDIA 的 CUDA 技术。CUDA 是一个并行计算平台和编程模型,能够显著加速计算密集型任务。
通过以上步骤,你可以快速上手并使用 NiftyReg 进行图像配准任务。