开源项目教程：OpenSlide Python

余桢钟

于 2024-08-15 10:02:17 发布

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开源项目教程：OpenSlide Python

openslide-pythonPython bindings to OpenSlide项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/op/openslide-python

1. 项目介绍

OpenSlide Python 是一个针对 OpenSlide 库的 Python 接口，用于读取和处理全视野切片图像（也称为虚拟切片），这类图像在数字病理学中广泛应用。这些高分辨率的图像文件大小可能达到几十GB，不适合直接使用传统图像处理工具进行处理。OpenSlide 提供了多分辨率接口，允许高效地读取接近所需放大倍率的小块图像数据。它支持多种切片格式，如 .svs, .tif, .dcm, 等等。

该项目由 OpenSlide 团队维护，遵循 GNU Lesser General Public License v2.1 许可证。适用于开发人员、医疗健康行业以及科学研究者，特别适合生物信息学领域的研究。

2. 项目快速启动

安装依赖

首先确保你的系统已经安装了 Python 3.8 或以上版本。然后通过 pip 安装 OpenSlide Python 和其依赖的 OpenSlide：

# 使用 pip 安装 OpenSlide Python
pip install openslide-python

# 如果需要单独安装 OpenSlide 库，你可以这样做
# 注意这里要用对应的命令，例如在 Ubuntu 上是 apt-get，在 MacOS 上可能是 brew
sudo apt-get install libopenslide-dev  # 对于 Ubuntu 或 Debian
brew install openslide  # 对于 MacOS (如果有 Homebrew)

快速示例

以下是一个简单的 Python 代码示例，展示了如何打开并读取一个切片图像的基本信息：

import openslide

# 打开切片图像文件
slide = openslide.OpenSlide('path/to/your/slide.svs')

# 输出基本属性
print('Path:', slide.path)
print('Format:', slide.properties['openslide.format'])
print('Dimensions:', slide.level_dimensions[0])

# 关闭图像资源
slide.close()

这个例子假设你有一个名为 slide.svs 的切片图像文件在指定路径下。运行后将打印出图像的路径、格式以及原始分辨率尺寸。