ProjecTILs 开源项目教程
项目介绍
ProjecTILs 是一个计算方法,用于将单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据投影到参考单细胞图谱中,从而在稳定的注释坐标系统中直接比较这些数据。与其他方法相比,ProjecTILs 不仅能够准确地将新的 scRNA-seq 数据嵌入到参考中而不改变其结构,还能够表征先前未知的细胞状态。
项目快速启动
安装 ProjecTILs
首先,确保你已经安装了 remotes
包,然后从 GitHub 安装 ProjecTILs:
install.packages("remotes")
library(remotes)
remotes::install_github("carmonalab/ProjecTILs")
加载示例数据并运行投影
加载 ProjecTILs 包并运行示例数据:
library(ProjecTILs)
ref <- load_reference_map() # 默认加载小鼠肿瘤浸润T细胞的参考图谱
data(query_example_seurat)
query_projected <- RunProjecTILs(query = query_example_seurat, ref = ref)
应用案例和最佳实践
ProjecTILs 在多个公共数据集上展示了其实际应用。你可以查看 ProjecTILs 案例研究 以获取更多真实世界的应用示例。
典型生态项目
ProjecTILs 与其他单细胞RNA测序分析工具和库兼容,例如 Seurat 和 Scanpy。这些工具可以与 ProjecTILs 结合使用,以提供更全面的单细胞数据分析解决方案。
相关项目
- Seurat: 一个强大的单细胞RNA测序数据分析工具。
- Scanpy: 用于分析单细胞转录组数据的 Python 库。
通过结合这些工具,你可以更深入地探索和分析单细胞数据。