PROPKA 项目使用教程

PROPKA 项目使用教程

propkaPROPKA predicts the pKa values of ionizable groups in proteins and protein-ligand complexes based in the 3D structure.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/propka

1. 项目的目录结构及介绍

PROPKA 项目的目录结构如下：

propka/
├── docs/
├── propka/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   ├── analysis.py
│   ├── command_line.py
│   ├── conformational_analysis.py
│   ├── input_output.py
│   ├── parameter_data.py
│   ├── pdb.py
│   ├── propka.py
│   ├── topology.py
│   └── version.py
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   ├── test_analysis.py
│   ├── test_command_line.py
│   ├── test_conformational_analysis.py
│   ├── test_input_output.py
│   ├── test_parameter_data.py
│   ├── test_pdb.py
│   ├── test_propka.py
│   └── test_topology.py
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

目录介绍

• docs/: 包含项目的文档文件。
• propka/: 包含项目的主要代码文件。
  • __init__.py: 初始化文件。
  • __main__.py: 主程序入口文件。
  • analysis.py: 分析模块。
  • command_line.py: 命令行接口模块。
  • conformational_analysis.py: 构象分析模块。
  • input_output.py: 输入输出模块。
  • parameter_data.py: 参数数据模块。
  • pdb.py: PDB 文件处理模块。
  • propka.py: 主模块。
  • topology.py: 拓扑结构模块。
  • version.py: 版本信息模块。
• tests/: 包含项目的测试文件。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文件。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• setup.py: 项目安装文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 propka/__main__.py。这个文件是 PROPKA 的入口点，可以通过以下命令运行：

python -m propka

或者直接运行：

propka3

__main__.py 文件负责解析命令行参数并调用相应的功能模块。

3. 项目的配置文件介绍

PROPKA 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。例如：

propka3 --help

可以查看所有可用的命令行选项和描述。

常用的命令行参数包括：

• -f 或 --file: 指定输入的 PDB 文件。
• -o 或 --output: 指定输出文件名。
• -v 或 --verbose: 启用详细输出。

通过这些参数，用户可以自定义 PROPKA 的运行行为。

propkaPROPKA predicts the pKa values of ionizable groups in proteins and protein-ligand complexes based in the 3D structure.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/propka