PROPKA 项目推荐

PROPKA 项目推荐

propka PROPKA predicts the pKa values of ionizable groups in proteins and protein-ligand complexes based in the 3D structure. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/propka

1. 项目基础介绍和主要编程语言

PROPKA 是一个用于预测蛋白质和蛋白质-配体复合物中可电离基团的 pKa 值的开源项目。该项目基于蛋白质的三维结构进行计算，主要用于生物化学和药物设计领域。PROPKA 项目的主要编程语言是 Python，并且它支持 Python 3.8 及以上版本。

2. 项目的核心功能

PROPKA 的核心功能是预测蛋白质和蛋白质-配体复合物中可电离基团的 pKa 值。具体来说，它能够：

• 预测蛋白质中氨基酸残基的 pKa 值。
• 处理蛋白质-配体复合物，预测配体对蛋白质 pKa 值的影响。
• 提供一致的内部和表面残基处理，确保预测结果的准确性。

3. 项目最近更新的功能

PROPKA 项目最近更新的功能包括：

• 版本 3.5.1：修复了一些 bug，并改进了代码的稳定性和性能。
• API 更新：对部分 API 进行了调整，提高了代码的可维护性和扩展性。
• 文档更新：增加了更多的使用示例和详细的 API 文档，方便用户理解和使用。

通过这些更新，PROPKA 项目在功能和用户体验上都有了显著的提升，使其在生物化学和药物设计领域的应用更加广泛和深入。

propka PROPKA predicts the pKa values of ionizable groups in proteins and protein-ligand complexes based in the 3D structure. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/propka