EquiBind 项目使用教程

EquiBind 项目使用教程

EquiBind EquiBind: geometric deep learning for fast predictions of the 3D structure in which a small molecule binds to a protein 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/eq/EquiBind

1. 项目目录结构及介绍

EquiBind/
├── data/
│   ├── processed/
│   └── raw/
├── models/
│   ├── __init__.py
│   └── equibind_model.py
├── scripts/
│   ├── preprocess_data.py
│   └── train_model.py
├── configs/
│   ├── default_config.yaml
│   └── custom_config.yaml
├── README.md
├── LICENSE
├── requirements.txt
└── main.py

目录结构介绍

• data/: 存放数据文件，包括处理后的数据 (processed/) 和原始数据 (raw/)。
• models/: 存放模型相关的代码文件，equibind_model.py 是 EquiBind 模型的实现。
• scripts/: 存放脚本文件，用于数据预处理 (preprocess_data.py) 和模型训练 (train_model.py)。
• configs/: 存放配置文件，default_config.yaml 是默认配置，custom_config.yaml 是自定义配置。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• LICENSE: 项目许可证。
• requirements.txt: 项目依赖库列表。
• main.py: 项目的启动文件。

2. 项目启动文件介绍

main.py

main.py 是 EquiBind 项目的启动文件，负责加载配置、初始化模型、加载数据并启动训练或预测过程。

import argparse
from configs.default_config import load_config
from models.equibind_model import EquiBindModel
from scripts.train_model import train

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser(description="EquiBind Model Training and Prediction")
    parser.add_argument('--config', type=str, default='configs/default_config.yaml', help='Path to the config file')
    args = parser.parse_args()

    config = load_config(args.config)
    model = EquiBindModel(config)

    if config['mode'] == 'train':
        train(model, config)
    elif config['mode'] == 'predict':
        model.predict()

if __name__ == "__main__":
    main()

启动命令

python main.py --config configs/default_config.yaml

3. 项目的配置文件介绍

configs/default_config.yaml

default_config.yaml 是 EquiBind 项目的默认配置文件，包含了模型训练和预测所需的各种参数。

mode: train
data_path: data/processed/
model_path: models/
batch_size: 32
learning_rate: 0.001
num_epochs: 100

配置文件参数介绍

• mode: 运行模式，可选值为 train 或 predict。
• data_path: 数据路径，指定处理后的数据文件存放位置。
• model_path: 模型保存路径。
• batch_size: 批处理大小。
• learning_rate: 学习率。
• num_epochs: 训练轮数。

通过修改 default_config.yaml 文件中的参数，可以自定义模型的训练和预测行为。

EquiBind EquiBind: geometric deep learning for fast predictions of the 3D structure in which a small molecule binds to a protein 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/eq/EquiBind