Cellpose 安装和配置指南

Cellpose 安装和配置指南

cellpose 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellpose

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目介绍

Cellpose 是一个通用的细胞分割算法，由 Carsen Stringer 和 Marius Pachitariu 开发。它能够处理多种类型的细胞图像，并且支持人类在循环中的能力，即用户可以通过交互式的方式优化分割结果。Cellpose 不仅适用于细胞分割，还支持图像恢复功能，能够提高分割的准确性。

主要编程语言

Cellpose 主要使用 Python 编程语言开发。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术

• PyTorch: 用于深度学习模型的训练和推理。
• NumPy: 用于数值计算和数组操作。
• Numba: 用于加速 Python 代码的执行。
• SciPy: 用于科学计算和数据处理。
• PyQt5: 用于图形用户界面的开发。

框架

• PyTorch: 作为主要的深度学习框架，支持模型的训练和推理。
• PyQt5: 用于构建图形用户界面，方便用户进行交互式操作。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

1. 操作系统: Cellpose 支持 Linux、Windows 和 Mac OS。
2. 硬件要求: 至少 8GB RAM，推荐 16GB-32GB RAM 用于处理大图像和 3D 体积数据。
3. Python 版本: 需要 Python 3.8 或更高版本。
4. GPU 支持: 如果计划处理大量图像，建议安装 GPU 版本的 PyTorch。

详细安装步骤

使用 Conda 安装

1. 安装 Miniforge 或 Anaconda:

   • 下载并安装 Miniforge 或 Anaconda。

2. 创建并激活 Conda 环境:

   conda create --name cellpose python=3.9
   conda activate cellpose
   

3. 安装 Cellpose:

   • 安装带 GUI 的版本:

     python -m pip install cellpose[gui]
     

   • 安装不带 GUI 的版本:

     python -m pip install cellpose
     

4. 升级 Cellpose:

   python -m pip install cellpose --upgrade
   

使用 Python 的 venv 安装

1. 安装 Python 3.8 或更高版本:

   • 从 Python 官方网站 下载并安装。

2. 创建并激活虚拟环境:

   python3 -m venv cellpose
   source cellpose/bin/activate  # 在 Mac/Linux 上
   cellpose\Scripts\activate     # 在 Windows 上
   

3. 安装 Cellpose:

   • 安装带 GUI 的版本:

     python -m pip install cellpose[gui]
     

   • 安装不带 GUI 的版本:

     python -m pip install cellpose
     

4. 运行 Cellpose:

   python -m cellpose
   

验证安装

• 启动 Cellpose GUI:

  python -m cellpose
  

• 拖动图像到 GUI 中，设置参数并运行分割。

通过以上步骤，您应该能够成功安装并配置 Cellpose 项目，开始使用其强大的细胞分割功能。

cellpose 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellpose