MMseqs2：超快速且敏感的序列搜索与聚类套件

MMseqs2：超快速且敏感的序列搜索与聚类套件

MMseqs2 MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mm/MMseqs2

项目基础介绍和主要编程语言

MMseqs2（Many-against-Many sequence searching）是一个用于搜索和聚类大规模蛋白质和核酸序列集的软件套件。该项目是开源的，采用GPL-3.0许可证，主要使用C++语言实现。MMseqs2支持Linux、MacOS以及Windows（通过cygwin作为beta版本）操作系统。

项目核心功能

MMseqs2的核心功能包括：

1. 超快速且敏感的序列搜索：MMseqs2能够在比BLAST快10000倍的速度下运行，同时在100倍的速度下达到几乎相同的敏感度。
2. 高效的序列聚类：MMseqs2能够对大规模序列集进行高效的聚类，支持线性时间复杂度的聚类算法。
3. 多核和服务器优化：软件设计为在多核和服务器上运行，具有非常好的可扩展性。
4. 支持多种序列格式：MMseqs2能够处理FASTA/FASTQ格式的输入和输出，并支持多种数据库格式。
5. 丰富的功能模块：提供多种模块用于序列转换、过滤、外部程序执行和搜索等。

项目最近更新的功能

MMseqs2最近的更新包括：

1. 新增的序列搜索和聚类算法：优化了搜索和聚类算法的性能，进一步提升了速度和敏感度。
2. 支持ARM64和PPC64LE系统：现在MMseqs2不仅支持AMD和Intel 64位系统，还支持ARM64和PPC64LE系统。
3. 改进的安装和使用体验：通过Homebrew、conda和Docker等方式简化了安装过程，并提供了更详细的文档和教程。
4. 增强的命令行自动补全功能：改进了bash命令和参数自动补全功能，提升了用户的使用体验。
5. 新增的序列分类功能：增加了对序列进行分类的功能，支持对大规模序列集进行分类和标签化。

通过这些更新，MMseqs2在性能、兼容性和用户体验方面都得到了显著提升，使其成为处理大规模序列数据的首选工具。

MMseqs2 MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mm/MMseqs2