U-Mamba 项目安装和配置指南

U-Mamba 项目安装和配置指南

U-Mamba 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/um/U-Mamba

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目介绍

U-Mamba 是一个用于增强生物医学图像分割中长程依赖性的开源项目。该项目旨在通过结合残差块和 Mamba 块来提升图像分割的性能，特别适用于2D和3D生物医学图像的分割任务。

主要编程语言

U-Mamba 项目主要使用 Python 编程语言进行开发。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术

• Mamba 块: 用于增强长程依赖性。
• 残差块: 用于构建深度神经网络。

主要框架

• PyTorch: 用于深度学习模型的构建和训练。
• nnU-Net: 一个流行的生物医学图像分割框架，U-Mamba 基于此框架进行开发。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

1. 操作系统: Ubuntu 20.04
2. CUDA 版本: 11.8
3. Python 版本: 3.10
4. Anaconda: 用于创建和管理虚拟环境

详细安装步骤

步骤 1: 安装 Anaconda

如果你还没有安装 Anaconda，可以通过以下命令安装：

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.07-1-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2023.07-1-Linux-x86_64.sh

步骤 2: 创建虚拟环境

使用 Anaconda 创建一个名为 umamba 的虚拟环境，并激活它：

conda create -n umamba python=3.10 -y
conda activate umamba

步骤 3: 安装 PyTorch

在虚拟环境中安装 PyTorch 2.0.1 和 torchvision 0.15.2：

pip install torch==2.0.1 torchvision==0.15.2 --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu118

步骤 4: 安装 Mamba

安装 Mamba 及其依赖项：

pip install causal-conv1d>=1.2.0
pip install mamba-ssm --no-cache-dir

步骤 5: 下载 U-Mamba 代码

从 GitHub 仓库下载 U-Mamba 代码并进入项目目录：

git clone https://github.com/bowang-lab/U-Mamba.git
cd U-Mamba/umamba

步骤 6: 安装项目依赖

在项目目录下运行以下命令安装项目依赖：

pip install -e .

步骤 7: 运行测试

进入 Python 命令行界面，导入 PyTorch 和 Mamba 模块以确保安装正确：

python
import torch
import mamba_ssm

配置指南

数据目录设置

U-Mamba 的默认数据目录预设为 U-Mamba/data。如果你有现有的 nnU-Net 设置，并希望使用其他目录，可以在 umamba/nnunetv2/path.py 中调整路径设置。例如：

base = '/home/user_name/Documents/U-Mamba/data'
nnUNet_raw = join(base, 'nnUNet_raw')
nnUNet_preprocessed = join(base, 'nnUNet_preprocessed')
nnUNet_results = join(base, 'nnUNet_results')

通过以上步骤，你已经成功安装并配置了 U-Mamba 项目。现在你可以开始使用 U-Mamba 进行生物医学图像分割任务了。

U-Mamba 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/um/U-Mamba