导入conda虚拟环境的lib

用 conda 虚拟环境跑代码,import scipy 时报错:

ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found (required by /data/itom/miniconda3/envs/cu116_pt1131/lib/python3.9/site-packages/scipy/spatial/_ckdtree.cpython-39-x86_64-linux-gnu.so)

参考 [1],一种解法是把所用的 conda 虚拟环境的 lib/ 加入到 LD_LIBRARY_PATH。为自动导入,可在 ~/.bashrc 中加入:

  • 假设 miniconda3 的安装路径是 ~/miniconda3/
# ~/.bashrc 内
if [ -d $HOME/miniconda3/envs ]; then
	ld_lib_path=""
	for d in `ls $HOME/miniconda3/envs`; do
		if [ -z $ld_lib_path ]; then
			ld_lib_path=$HOME/miniconda3/envs/$d/lib
		else
			ld_lib_path=$ld_lib_path:$$HOME/miniconda3/envs/$d/lib
		fi
	done
	if [ ! -z $ld_lib_path ]; then
		if [ -z $LD_LIBRARY_PATH ]; then
			export LD_LIBRARY_PATH=$ld_lib_path
		else
			export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ld_lib_path
		fi
	fi
fi

References

  1. Anaconda ImportError: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21’ not found
  2. ImportError: /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29’ not found #11417
  3. ImportError: `GLIBCXX_3.4.30’ not found #1282
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importerror: /opt/conda/lib/libstdc.so.6: version `glibcxx_3.4.29' not found 是一个常见的错误消息。该错误消息通常表示在运行或导入某个程序时,找不到所需的 glibcxx_3.4.29 版本。 glibcxx_3.4.29 是 GNU C++ 标准库的一个特定版本,它是由 GNU C++ 编译器链接到程序中的。如果系统中缺少此版本的库,那么当程序启动、运行或导入某些模块时,就会引发上述错误。 要解决这个问题,可以尝试以下几种方法: 1. 更新或升级库:首先,尝试更新或升级系统中的GNU C++标准库。可以使用软件包管理器来查找和安装最新版本的库。例如,在Ubuntu系统中,可以使用以下命令更新库: ```shell sudo apt-get update sudo apt-get install --only-upgrade libstdc++6 ``` 2. 使用虚拟环境:如果您使用的是Python虚拟环境(例如conda),则可以尝试在虚拟环境中重新安装所需的库。可以创建一个新的虚拟环境,并确保在其中正确安装了所有依赖项和库。 3. 检查依赖关系:您还可以检查程序或模块的依赖项,并确保安装了正确版本的所有依赖项。在运行程序之前,请确保在系统中安装了所有必需的依赖项。 4. 重新编译程序:如果上述方法无效,您可以考虑重新编译程序。获取程序的源代码,并按照其文档中的说明进行编译。确保使用正确的编译器和正确的库版本。 总之,importerror: /opt/conda/lib/libstdc.so.6: version `glibcxx_3.4.29' not found 错误通常表示缺少特定版本的GNU C++标准库。您可以尝试更新或升级库,使用虚拟环境,检查依赖关系或重新编译程序来解决这个问题。
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