2020-9-25 sourmash Kmer

最新推荐文章于 2024-04-26 09:43:42 发布

Hakuna_mata_ta_

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分类专栏：随手记文章标签：其他

本文链接：https://blog.csdn.net/hakuna_mata_ta_/article/details/108808213

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本文档详细介绍了sourmash的工作流程，包括设置工作目录、安装程序包、产生Illumina reads签名、计算k51特征、比较序列与组装结果、评估污染比例，并通过反向验证解释了Illumina测序错误在拼接结果中被过滤的原因。

摘要由CSDN通过智能技术生成

sourmash工作流程

在这里插入图片描述

设置工作目录

mkdir

依赖关系，之前安装成功可跳过

sudo apt-get -y update && \
sudo apt-get install -y python3.5-dev python3.5-venv make \
    libc6-dev g++ zlib1g-dev #这里配置失败，可能因为conda环境basezhong已经安装了更高版本的Python 3.8
. ~/py3/bin/activate
pip install -U pip
pip install -U Cython
pip install -U jupyter jupyter_client ipython pandas matplotlib scipy scikit-learn khmer#直接使用conda镜像安装，省时省力

安装程序包

conda install sourmash

产生Illumina reads的signature

mkdir work
cd work
curl -L -o SRR1976948.abundtrim.subset.pe.fq.gz https://osf.io/k3sq7/download
curl -L -o SRR1976948.megahit.abundtrim.subset.pe.assembly.fa https://osf.io/dxme4/download
curl -L -o SRR1976948.spades.abundtrim.subset.pe.assembly.fa