OpenFOAM后台运行程序以及nohup命令

OpenFOAM的程序运算周期往往很长，动辄数百万步的时间步长，往往要运算几天甚至数个星期，这对计算机性能是一个极大的挑战。一般的计算机并不足以满足计算要求，通常需要租用大型工作站或服务器，这就涉及到远程连接的问题。这里，我们一般采用后台运行。其好处是：

• 在连接远程服务器时，我们这边一旦断网或者关机，就会导致程序运行终止，跑了几天的工作量付之流水，让人的心情蒙上一层阴影，后台处理可以很大程度上避免这一点；
• 不会影响计算效率，而且不会占用终端，我们可以使用终端继续别的事情。
  

1.后台运行指令

1.1 & 指令

我们可以直接在终端输入求解器名称&进行后台运行，如：

icoFoam &

paraview &

上述命令并不能保证用户关闭终端之后程序继续运行，因而，引入如下指令：

1.2 nohup 指令

nohup icoFoam &

nohup全称no hang out，不间断执行命令，求解器运行的信息，将保存在当前目录下的nohup.out中。如果当前目录的 nohup.out 文件不可写，输出重定向到 $HOME/nohup.out 文件中。

我们还可以使用> log 命令进行文件的重定向输出，如：

nohup  icoFoam > log //关闭标准输入，终端不再能够接收任何输入（标准输入）
nohup  icoFoam > log &//关闭标准输入，终端能够接收任何输入

cat命令可以将输出的log文件再此显示到终端上：

cat log

注意：有时候，使用nohup & 命令关闭中端后程序仍会终止。为避免这种情况，在shell中提示了nohup成功后还需要按终端上键盘任意键退回到shell输入命令窗口，然后通过在shell中输入exit来退出终端。

2. 查看后台执行的任务

jobs：查看当前终端后台执行的任务

jobs -l

当终端关闭，启用新的终端后，jobs -l无法再查询后台所执行的任务，此时，需要使用 ps 指令：

ps -aux|grep：查询当前执行任务

[student2@node01 ~]$ ps -aux|grep mpirun
student2 112974  0.5  0.0 146928  5960 ?        Sl   9月20   6:01 mpirun -np 4 interFoam -parallel
student2 115000  0.5  0.0 146928  5916 ?        Sl   9月20   6:14 mpirun -np 4 interFoam -parallel
student2 116012  0.5  0.0 146928  5956 ?        Sl   9月20   5:52 mpirun -np 4 interFoam -parallel
student2 116999  0.5  0.0 146928  5888 ?        Sl   9月20   6:12 mpirun -np 4 interFoam -parallel
[student2@node01 ~]$ 

a: 显示所有程序；
u: 以用户为主的格式来显示 ；
x: 显示所有程序，不以终端机来区分。

3. 关闭后台执行的任务

kill 指令—强制中断当前任务

kill -9 任务进程号//进程号为 112974、115000、116012、116999 

4. 读取 nohup.out 文件

生成的nohup.out或者log文件往往很大，用一般的方法读取十分困难（我曾用记事本试图打开一个500M的文件，结果失败了）。这时，我们可以使用以下命令：

tail nohup.out
tail log

上述命令默认输出文件的后十行，我们可以通过以下命令指定输出行数：

tail -n 200 log//将`tail`替换为`head`可以输出log文件的前 n 行。

我们也可以通过Xftp将文件下载到windowns主机查看。对于这种大型文件推荐使用UltraEdit进行打开。

5. 清空 nohup.out（转储）

nohup.out文件所占用的内存往往很大，如果服务器硬盘存储空间不足，很容易把程序进程终止。以下命令可以查询内存空间：

df -h

如果内存空间不足，我们就需要删除 nohup.out文件。但又不能直接删除，否则可能会造成应用无法打印后续的错误日志。对此，可以采用不停止服务，直接清空nohup.out文件的方法：

第一种：cp /dev/null nohup.out
第二种：cat /dev/null > nohup.out

关于/dev/null文件
Linux下还有一个特殊的文件/dev/null，它就像一个无底洞，所有重定向到它的信息都会消失得无影无踪。这一点非常有用，当我们不需要回显程序的所有信息时，就可以将输出重定向到/dev/null。
------摘自引文4第四部分

我们也可以通过以下方法重定向nohup.out文件，解决nohup.out文件过大的问题：

//只输出错误信息到日志文件
nohup command >/dev/null 2>log &
//什么信息也不要
nohup command >/dev/null 2>&1 &
//2>&1是将标准错误（2）重定向到标准输出（&1），标准输出（&1）再被重定向输入到log文件中。
nohup command > log 2>&1 &

其中，

0 – stdin (standard input)//标准输入
1 – stdout (standard output)//标准输出,在一般使用时，默认的是标准输出
2 – stderr (standard error) //标准错误信息输出

引文：

1. https://blog.csdn.net/CloudBird07/article/details/105316298
2. https://blog.csdn.net/DN_XIAOXIAO/article/details/78322847
3. https://baike.baidu.com/item/nohup/5683841?fr=aladdin
4. https://blog.csdn.net/qq_29663071/article/details/81030396?utm_medium=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.compare&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.compare
5. https://blog.csdn.net/hanbingchegu/article/details/108341254