RepeatMasker安装和使用经验（自用）

hanging_cloud

于 2024-07-25 13:57:56 发布

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文章标签： linux 运维服务器

本文链接：https://blog.csdn.net/hanging_cloud/article/details/140686846

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RepeatMasker安装

省流：

1、步步按照官网流程安装；Download Pagehttps://www.repeatmasker.org/RepeatMasker/

2、trf/RMBlast/HMMER等可以用conda安装，但RepeatMasker不要用conda装；

3、注意RepeatMasker版本和Dfam数据库版本的匹配性，官网有写；

4、注意把RepeatMasker文件夹添加到环境变量中。

我的安装经过

Round1

问题：第一次的时候用conda装了RepeatMasker。用-lib选项添加自己的数据库运行时没有问题，不用lib选项时出现找不到人类基因组中sinecut文件的报错。

寻找方法：在网上查阅到。出错原因是RepeatMasker默认使用人类基因组数据库运行，但conda安装时没有安装完整的人类基因组数据库。网站上说4.0.9版本的RepeatMasker已解决此问题，但conda重装RepeatMasker后，发现conda装的最新版本就是4.0.7的RepeatMasker。

解决：用./configure编译（编译时需要输入rmblast/hmmer/trf等软件的位置，这些软件RepeatMasker自动安装在/home/haoxy/anaconda3/bin目录下），在过程中设置了hmmer为默认搜索引擎。之后运行顺畅。

Round2

按照官网Download RepeatMasker教程安装，部分参考RepeatMasker基因组重复序列检测工具安装及使用-CSDN博客和RepeatMasker（一）——安装及使用-CSDN博客

1、用conda安装trf、rmblast和hmmer（想找到安装路径使用which trf/which rmblastn等命令）

2、在官网上下载repeatmasker并解压缩：

gunzip RepeatMasker-open-4-#-#.tar.gz
tar xvf RepeatMasker-open-4-#-#.tar

3、在RepeatMasker文件夹内编译：./configure

4、将RepeatMasker文件夹添加入环境变量：

vi ~/.bashrc
在bashrc中输入export PATH=$PATH:/rd/haoxy/softwares/RepeatMasker
source ~/.bashrc

经过上述操作就可以使用RepeatMasker了。可以通过RepeatMasker -h检验是否安装成功。

自动安装只装了很小的数据库，之后可以根据官网教程自行下载数据库。

Round3

准备更新数据库，按官网教程下载Dfam3.8版本数据库（要下特别久），另在网上搜到了RepBase RepeatMasker Edition ( final version 10/26/2018 )，文件名RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz。

RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz如官网教程拷贝到RepeatMasker文件夹下解压缩，解压出来的两个文件会自动放在RepeatMasker/Libraries文件夹下。（不要在Libraries文件夹中解压缩，那样会自动创建RepeatMasker/Libraries/Libraries文件夹。）

问题：在将dfam38_full.0.h5.gz解压缩并拷贝到Libraries中时，发现没有famdb文件夹。直接考到Libraries中并改名Dfam.h5，出现报错：Building FASTA version of RepeatMasker.lib ...ERROR:__main__:Error reading file: This file cannot be read by this version of famdb.py

尝试按照RepeatMasker安装RepBase和Dfam 3.6不兼容 - 简书 (jianshu.com)解决，不成功。该博客中用的版本已经比较老了，按理说我现在用的版本这种问题已经解决。

解决：最后发现我下载的是4.1.5版本的RepeatMasker，官网上说该版本与Dfam3.8不相容；最新版的RepeatMasker(4.1.6)才与Dfam3.8相容。于是重装4.1.6版本的RepeatMasker，在Libraries中出现了famdb文件夹，将dfam38_full.0.h5直接拷贝到famdb文件夹中。再次在RepeatMasker文件夹中./configure，成功。果然一定要步步按照官网教程装呀！