pypi打包

1. 将代码整理为标准格式

具体而言，需要__init__.py文件，还需要有一个setup文件，放在目标文件夹下（如scprotein/setup.py）

from setuptools import setup, find_packages


setup(
    name='scprotein', 
    version='0.1.0',  
    author='LiWei', 
    description='scprotein is a deep contrastive learning framework for Single-cell Proteomics Embedding.',  
    url='https://github.com/TencentAILabHealthcare/scPROTEIN',
    packages=find_packages(),  
    install_requires=[  
        'torch>=1.10.0',
        'scanpy>=1.8.2',
        'numpy>=1.22.3',
        'pandas>=1.3.5',
        'scipy>=1.8.1',
        'scikit_learn>=1.1.1',
        'torch_geometric>=2.0.4'
    ],
    python_requires=">=3.8",
    author_email = 'nkuweili@mail.nankai.edu.cn',
    license='Apache',
    package_data = {'': ['*.txt', '*.rst', '*.npy', '*.jpg']},
)

https://www.jianshu.com/p/d6cbe27da90c
这里面有详细的各个参数的用处
注意如果要想把除了py之外的文件放进去，需要用

package_data = {'': ['*.txt', '*.rst', '*.npy', '*.jpg']},

这样这些后缀的都会被包括进来，否则只有py文件会被安装

2. 执行setup文件

执行setup文件：

python3 setup.py bdist_wheel sdist 

将整个脚本打包，应该会出现一个dist文件夹，里面有whl文件和tar.gz文件

注意scprotein一定在里面有个单独的文件夹，再里面是自己的脚本，像下面这样是错误的：

这个whl文件实际上就已经是可以执行的文件了：

pip install xx.whl

3. 上传到pypi

# 上传需要安装twine
pip install twine
twine upload dist/*
# 输入刚注册的用户名密码就能上传。

需要注意的是，由于我设置了什么2FA验证，每次是需要token的
生成token在我的pypi主页下面

执行upload的时候不要输用户名和密码

用户名输入:
__token__
密码输入
token的那一串字符