2019年12月_高锦-生信

原创 10X cellranger count 后的数据认识和使用

对SRR7722937的三个fastq文件运行cellranger count ，完成后得到结果文件存于SRR7722937，打开其下的outs文件夹下游分析所需的是红框的文件，利用R读入以上文件，形成expression_matrix#!/usr/bin/Rlibrary(Matrix)cellbarcodes ...

2019-12-27 15:45:56 2683 2

原创 cnetos7 下Rstudio安装hdf5r包

1.首先下载hdf5 源码，版本1.10.6的tar.gz2.解压，用root安装(一定要注意--prefix路径，不能改变)./configure --prefix=/usr --enable-fortran --enable-cxxmakemake install3.进入Rstudioinstall.packages('hdf5r')...

2019-12-24 17:48:49 1072

原创 centos7服务器安装Rstudio-server

1.先安装R（若无R）sudo yum install R2.下载&安装rstudio-serverwget -c https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.5033-x86_64.rpmsudo yum installrstudio-server-rhel-1...

2019-12-24 11:47:54 2222

原创 10X_Genomics_scRNA_Seq 名词解释

Sample（样本）：单个生物来源（血液、组织等）提取的细胞混悬液。（标示是index）Library（文库）：从一个样本制备的1个10X-barcoded测序文库，对应着一个10x Chromium Controller run 的单芯片通道。（标示是barcoded）Flowcell：一个类似载玻片的测序芯片，包含了一个run的测序数据，该数据可根据芯片上的 lane 和样本的 in...

2019-12-20 16:21:21 1771

原创 10X genomics scRNA_Seq 原理概念解说

单细胞分离--测序原理10X Genomics采用Drop-Seq技术，横向孔道逐个导入凝胶微珠Gel beads，第一个纵向道输入细胞。当凝胶微珠和细胞碰撞会被吸附在微珠上，然后通过微流控技术运送到第二个纵向通道（“油管”）。这时就会形成一个个的油滴GEMs（一个油滴就是一个凝胶微珠，也就是一个单细胞），然后收集在EP管中。每一个凝胶微珠都布满了不同的Barcode和UMI连接的序列，然后...

2019-12-20 11:09:57 13249 2

原创 PICRUSt工具使用过程中的概念理解

1. MiSeq 2x250 16S V4 下机测序数据经下面pipeline代码转换为OTU table#!/bin/bashif [ x$usearch == x ] ; then echo Must set \$usearch >> /dev/stderr exit 1firm -rf ../outmkdir -p ../outcd ../out# M...

2019-12-17 17:14:24 2174 1

原创生物信息名称备忘录

生殖系突变（Germline mutation）与体细胞突变（Somatic mutation）生殖系突变（英语：Germline mutation）是指在生殖细胞中发生的任何可检测、可遗传的突变。在生殖细胞系以外的细胞中发生的突变称为体细胞突变，也称作获得性突变。生殖系突变和体细胞突变的不同在于：生殖系突变可遗传给后代，而体细胞中发生的突变不能。鉴定体细胞突变的金标准方法是使用同...

2019-12-16 11:12:10 265

原创高通量测序中常见名词解释

测序数据量：常见的测序量概念有 M 和 G ，for example 10M 和 10G解释：M 常用于描述reads 的数量。例如 10M 就是 10 *10^6 条readsG 常用于描述这一批次测序共有的碱基数量。例如 10G 就是10*10^9个碱基M 和 G 之间的关系比如说对于3G测序量的理解：3G指有 5*10^9 个碱基，假如采取illumia的...

2019-12-13 17:11:47 6462

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