linux中常见命令（1）

生信学习小达人

于 2023-07-16 02:30:00 发布

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分类专栏：命令文章标签： linux

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1. less命令

用法：less [option]<filename>

##同时打开多个文件
less <filename1> <filename2> <filename3>

点按“q”退出less。利用 man less 查看帮助文档

常见参数：

-b    <缓冲区大小> 设置缓冲区的大小

-e    当文件显示结束后，自动离开

-f     强迫打开特殊文件，例如外围设备代号、目录和二进制文件

-g    只标志最后搜索的关键词

-i     忽略搜索时的大小写

-m   显示类似more命令的百分比

-N   显示每行的行号

-o    <文件名> 将less 输出的内容在指定文件中保存起来

-Q    不使用警告音

-s    显示连续空行为一行

-S    行过长时间将超出部分舍弃

n：重复前一个搜索（与 / 或 ? 有关）

N：反向重复前一个搜索（与 / 或 ? 有关）

b      向后翻一页

d      向后翻半页

h       显示帮助界面

Q      退出less 命令

u      向前滚动半页

y      向前滚动一行

空格键滚动一行

回车键滚动一页

[pagedown]：向下翻动一页

[pageup]：向上翻动一页

结合管道符： cat a.txt | less -S

2. cut 命令

cut 命令在Linux中的作用是从文件中的每一行中截取出一些部分，并输出到标准输出中

cut 命令的局限性之一是它不支持指定多个字符作为分隔符。多个空格会被计算为多个字段分隔符，因此必须在 cut 命令前使用 tr 命令才能获得需要的输出。

-d :分隔符（ --delimiter 按照指定分隔符分割列）
-b : 表示字节
-c : 表示字符
-f : 表示字段(列号) （ --field 提取第几列）

$> cat user.txt
01, zhang, M, 18
02, wang, M, 20
03, li, M, 21

# 以","分隔，显示第二列
$> cut -d "," -f 2 user.txt
 zhang
 wang
 li

# 以","分隔，显示第1列和第3列
$> cut -d "," -f 1,3 user.txt
01, M,
02, M,
03, M,

# 以","分隔，显示第1-3列
$> cut -d "," -f 1-3 user.txt
01, zhang, M,
02, wang, M,
03, li, M,

# 以","分隔，显示除第1列以外的其他列
$> cut -d "," -f 1 --complement user.txt
 zhang, M, 18
 wang, M, 20
 li, M, 21
## 注意前面是有空格的！

###### 字符串
$> cut -c1-5 user.txt
01, zh
02, wa
03, li

3. head和tail命令

head 显示文件头部内容
head 用于显示文件的开头部分内容，默认情况下 head 指令显示文件的前 10 行内容。
3.1.基本语法

head 文件（功能描述：查看文件头10行内容）

head -n 5 文件（功能描述：查看文件头5行内容，5可以是任意行数）

3.2.选项说明

-n<行数> 指定显示头部内容的行数

tail输出文件尾部内容
tail 用于输出文件中尾部的内容，默认情况下 tail 指令显示文件的后 10 行内容。
3.3.基本语法

（1）tail 文件（功能描述：查看文件尾部10行内容）

（2）tail -n 5 文件（功能描述：查看文件尾部5行内容，5可以是任意行数）

（3）tail -f 文件（功能描述：实时追踪该文档的所有更新）

3.4. 选项说明

-n<行数> 输出文件尾部 n 行内容
-f 显示文件最新追加的内容，监视文件变化

4. awk命令

awk信息的读入也是逐行读取的，执行结果可以通过print的功能将字段数据打印显示。在使用awk命令的过程中,可以使用逻辑操作符“&&”表示“与”、“||”表示“或”、“!”表示“非”；还可以进行简单的数学运算，如+、-、*、/、%、^分别表示加、减、乘、除、取余和乘方。

(base) [hgzhong@head01 Part2.vairant_annotation]$ awk --help
Usage: awk [POSIX or GNU style options] -f progfile [--] file ...
Usage: awk [POSIX or GNU style options] [--] 'program' file ...
POSIX options:		GNU long options: (standard)
	-f progfile		--file=progfile 从脚本文件中读取awk命令
	-F fs			--field-separator=fs
	-v var=val		--assign=var=val var=value 赋值变量，将外部变量传递给awk
Short options:		GNU long options: (extensions)
	-b			--characters-as-bytes
	-c			--traditional
	-C			--copyright
	-d[file]		--dump-variables[=file]
	-e 'program-text'	--source='program-text'
	-E file			--exec=file
	-g			--gen-pot
	-h			--help
	-L [fatal]		--lint[=fatal]
	-n			--non-decimal-data
	-N			--use-lc-numeric
	-O			--optimize
	-p[file]		--profile[=file]
	-P			--posix
	-r			--re-interval
	-S			--sandbox
	-t			--lint-old
	-V			--version

FS：列分割符。指定每行文本的字段分隔符，默认为空格或制表位。与"-F"作用相同
NF：当前处理的行的字段个数。
NR：当前处理的行的行号（序数）。
$0：当前处理的行的整行内容。
$n：当前处理行的第n个字段（第n列）。
FILENAME：被处理的文件名。
RS：行分隔符。awk从文件上读取资料时,将根据RS的定义把读取的资料切割成许多条记录,而awk一次仅读入一条记录,以进行处理。预设值是’\n’

awk 'NR==1,NR==3 {print}' name.txt	#输出第 1~3 行内容
awk 'NR==1;NR==3 {print}' name.txt	#输出第 1和第3 行内容
awk '(NR>=1)&&(NR<=3) {print}' name.txt	#输出第 1~3 行内容
awk 'NR==1||NR==3{print}' name.txt	#输出第1行、第3行内容
awk '(NR%2)==1{print}' name.txt 		#输出所有奇数行的内容
awk '(NR%2)==0{print}' name.txt		#输出所有偶数行的内容
awk '/^root/{print}' /etc/passwd		#输出以 root 开头的行
awk '/nologin$/{print}' /etc/passwd		#输出以 nologin 结尾的行
awk -F ":" '{print $1}' /etc/passwd 		#输出每行中(以空格或制表位分隔)的第1个字段
awk -F ":" '{print $1,$2,$3}' /etc/passwd		#输出每行中的第1-3个字段
awk -F ":" '$3<5{print $1,$3}' /etc/passwd	#输出第3个字段的值小于5的第1、3个字段内容
awk -F ":" '!($3<200){print}' /etc/passwd 	#输出第3个字段的值不小于200的行
awk -F ":" '{print NR,$0}' /etc/passwd		#输出每行内容和行号，每处理完一条记录，NR值加1
awk -F ":" '$7~"/bash"{print $0}' /etc/passwd	#输出以冒号分隔且第7个字段中包含/bash的行的第1个字段
awk -F ":" '($1~"root")&&(NF==7){print $0}' /etc/passwd	#输出第1个字段中包含root且有7个字段的行的第1、2个字段

5. tr命令

执行权限：所有用户

语法：tr [OPTION]... SET1 [SET2]

常用参数：

-c 用SET1中字符的补集替换SET1，这里的字符集为ASCII。

-d 删除文件中所有在SET1中出现的字符

-s 删除文件中重复并且在SET1中出现的字符，只保留一个

tr命令不接受指定的文件参数，而只是对标准输入进行翻译。tr的命令格式是tr SET1 SET2，凡是在SET1中的字符，都会被替换为SET2中相应位置上的字符!

字母大小写替换：

##将制表符替换成换行符
tr '\t' '\n'

6. sed 命令

sed 主要是用来将数据进行选取、替换、删除、新増的命令。我们看看命令的语法：

[root@localhost ~] # sed [选项] '[动作]' 文件名

选项：

-n：一般 sed 命令会把所有数据都输出到屏幕上。如果加入此选项，则只会把经过 sed 命令处理的行输出到屏幕上；
-e: 允许对输入数据应用多条 sed 命令编辑；
-f 脚本文件名：从 sed 脚本中读入 sed 操作。和 awk 命令的 -f 选项非常类似；
-r：在 sed 中支持扩展正则表达式；
-i：用 sed 的修改结果直接修改读取数据的文件，而不是由屏幕输出动作；
a \：追加，在当前行后添加一行或多行。当添加多行时，除最后一行外，每行末尾需要用“\”代表数据未完结；
c \：行替换，用c后面的字符串替换原数据行。当替换多行时，除最后一行外，每行末尾需用“\”代表数据未完结；
i \：插入，在当前行前插入一行或多行。当插入多行时，除最后一行外，每行末尾需要用“\”代表数据未完结；
d：删除，删除指定的行；
P：打印，输出指定的行；
s：字符串替换，用一个字符串替换另一个字符串。格式为“行范围s/旧字串/新字串/g”（和Vim中的替换格式类似）；

大家需要注意，sed 所做的修改并不会直接改变文件的内容（如果是用管道符接收的命令的输出，则连文件都没有），而是把修改结果只显示到屏幕上，除非使用"-i"选项才会直接修改文件。

7. uniq 命令

uniq是对文本文件进行行去去重的工具。

以行为单位，进行行与行之间的字符串比较并进行去重
只能对有序的文本行进行有效去重，所以常与sort命令结合使用
参数   解释
-c   统计行出现的次数
-d   只显示重复的行并且去重
-u   只显示唯一的行
-i   忽略字母大小写
-f   忽略前N个字段（字段间用空白字符分隔）

[root@linuxforliuhj test]# sort hello.sh | uniq
be better
dddddddd
gggggggggggggggggggg
have a nice day
hello this is linux
i am lhj
zzzzzzzzzzzzzz
[root@linuxforliuhj test]# 


[root@linuxforliuhj test]# cat hello.sh | sort | uniq -c
      3 be better
      1 dddddddd
      1 gggggggggggggggggggg
      3 have a nice day
      4 hello this is linux
      4 i am lhj
      1 zzzzzzzzzzzzzz
[root@linuxforliuhj test]#

先排序使重复的行相邻，然后使用uniq可以有效去重。