CNVnator软件的安装

1. 下载CNVvator

CNVvator软件比较难安装，其依赖root软件等

下载地址

点击其release，下载最新版本v0.4.1(CNVnator_v0.4.1.zip) 

2. 安装依赖 root 软件

root 的下载地址 root , 选择下列Ubuntu 20版本

 解压root压缩包：

##解压
tar -zxvf root_v6.22.08.Linux-ubuntu20-x86_64-gcc9.3.tar.gz

##将root配置/.bashrc环境中
export ROOTSYS=/data/home/hgzhong/home/software_set/root/root
export PATH=/data/home/hgzhong/home/software_set/root/root/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ROOTSYS/lib

3. 安装CNVvator软件

## 下载cnvnator软件包
git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git
cd CNVnator
unzip CNVnator_v0.4.1.zip
## 将samtools软件目录软链接至cnvnator的src目录
ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ./samtools

##编译
make

ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ./samtools（samtools的解压文件夹，不是安装文件夹！！！）

ln -s /path/to/SOURCE/root root_build

软连接非常关键，相当于在cnvnator文件里建立了samtools和root文件夹的快捷方式（如果samtools软连接有问题会报错：AliParser.hh:10:17: fatal error: sam.h: No such file or directory；如果是root软连接有问题会报错：HisMaker.hh:15:20: fatal error: TFrame.h: No such file or directory。）

结果报错，显示samtools不是一个目录，由于自己 samtools 是利用conda自动安装的

##安装依赖包samtools

首先下载Samtools和hislib软件 

samtools hislib

##先安装hstlib
tar -xvf htslib-1.17.tar.bz2 #解压
cd htslib-1.17

##编译
autoheader ##生成一个autom4te.cache目录
autoconf
./configure ##编译

##接着安装samtools

##创建一个新环境
conda create -n python310 python=3.10.10
conda activate python310

##进入至samtools目录下
tar -xvf samtools-1.17.tar.bz2
cd samtools-1.17

##编译
./configure
make
make install

参考文章 非root用户安装ncurses-devel依赖 

注意：./configure --prefix=/home/hgzhong/ncurses --with-shared --without-debug --without-ada --enable-overwrite 时，需指定ncurses的路径

installing ./cursesapp.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses
installing ./cursesf.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses
installing ./cursesm.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses
installing ./cursesp.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses
installing ./cursesw.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses
installing ./cursslk.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses
installing etip.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses
make[1]: Leaving directory `/home/wlf/ncurses-6.2/c++'

出现上述界面则说明ncurses-dev库安装成功了。

3.编译samtools 软件

安装好hstlib和ncurses-devel后，重新安装

##接着安装samtools

##创建一个新环境
conda create -n python310 python=3.10.10
conda activate python310

##进入至samtools目录下
tar -xvf samtools-1.17.tar.bz2
cd samtools-1.17

##编译
./configure --prefix=local/samtools/ --without-curse --disable-lzma ##指不选择依赖lzma来压缩
make

##安装 
make install

将samtools添加到环境变量中

export PATH=/path/to/samtools/bin:$PATH

## 链接samtools和root软件目录到cnvnator的src目录

ln -s /opt/samtools-1.13/ ./samtools

ln -s /opt/root/ ./

然后编译make