conda在linux上的使用

conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

Conda作为软件包管理器可以帮助您查找和安装软件包。如果您需要一个需要使用其他版本的Python的软件包，则无需切换到其他环境管理器，因为conda也是环境管理器。仅需几个命令，您就可以设置一个完全独立的环境来运行该不同版本的Python，同时继续在正常环境中运行您通常的Python版本。(来自官网)

安装conda

• 自用的是ubuntu所以只介绍linux下的安装

1、从官网上下载对应系统的安装包文件，linux是.sh文件
2、输入 bash xxx.sh 文件 //这里可能需要权限。
3、最后输入 conda init fish 完成安装

安装时一路选择yes即完成了环境变量的配置。

conda使用

• 直接在命令行使用

#直接输入conda得到以下一些可选的操作方式：
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled
                 after the git config command. Writes to the user .condarc
                 file (/home/huang/.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.

optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

conda commands available from other packages:
  build
  convert
  debug
  develop
  env
  index
  inspect
  metapackage
  render
  server
  skeleton
  verify

• 查看当前使用的环境：

conda info

任务	Conda软件包和环境管理器命令	点软件包管理器命令	Virtualenv Environment Manager命令
安装套件	conda install $PACKAGE_NAME	pip install $PACKAGE_NAME	X
更新包	conda update --name $ENVIRONMENT_NAME $PACKAGE_NAME	pip install --upgrade $PACKAGE_NAME	X
更新程序包管理器	conda update conda	Linux / macOS：Win：pip install -U pip``python -m pip install -U pip	X
卸载软件包	conda remove --name $ENVIRONMENT_NAME $PACKAGE_NAME	pip uninstall $PACKAGE_NAME	X
创建环境	conda create --name $ENVIRONMENT_NAME python	X	cd $ENV_BASE_DIR; virtualenv $ENVIRONMENT_NAME
激活环境	conda activate $ENVIRONMENT_NAME*	X	source $ENV_BASE_DIR/$ENVIRONMENT_NAME/bin/activate
停用环境	conda deactivate	X	deactivate
搜索可用的软件包	conda search $SEARCH_TERM	pip search $SEARCH_TERM	X
从特定来源安装软件包	conda install --channel $URL $PACKAGE_NAME	pip install --index-url $URL $PACKAGE_NAME	X
列出已安装的软件包	conda list --name $ENVIRONMENT_NAME	pip list	X
创建需求文件	conda list --export	pip freeze	X
列出所有环境	conda info --envs	X	安装virtualenv包装器，然后 lsvirtualenv
安装其他软件包管理器	conda install pip	pip install conda	X
安装Python	conda install python=x.x	X	X
更新Python	conda update python*	X	X

添加频道

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
//清华的镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/