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RNA-seq分析
文章平均质量分 81
huangliangbo0805
这个作者很懒,什么都没留下…
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Cufllinks的安装与使用
一. 简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二. 安装Cufflinks下载网页。1. 为了安装Cufflinks,必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$ tar jxvf bo转载 2014-10-06 22:55:43 · 5599 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq差异表达分析工作流程
RNA-seq差异表达分析工作流程 原文地址: http://blog.sina.com.cn/s/blog_74cbb8e80101gqkc.html 需要使用到的工具:TopHatCufflinksSamtools参考:http://vallandingham.me/RNA_seq_differential_expression.html首转载 2014-10-08 20:35:54 · 10378 阅读 · 0 评论 -
RNA-Seq数据分析
从原始的数据开始,进行reads回帖,到拼接转录本,计算表达量,分析差异表达,最后可视化分析结果。 TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上,然后通过拼接,我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域,称为consensus,这些consensus可能是一个真的外显子,也有可能是几个外显子拼在一起的,或者一些别的情况。我们知转载 2014-10-13 15:09:32 · 12346 阅读 · 0 评论 -
差异表达与聚类分析
http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jn7v.html在鉴定出ncRNA后,我们如何推断其可能的生物学功能呢?首先对于miRNA等作用机制比较清楚的ncRNA,我们可以参考其作用机制,利用碱基互补等方式预测其靶标,并进而推断其生物学功能。然而,对于longnon-coding RNA等具体作用机制尚待明确的非编码RNA,这个方法就不适用了。转载 2014-10-13 16:04:45 · 22522 阅读 · 0 评论 -
几种clean data的软件用法
#几种clean data的软件用法:==============================================================一、read quality control and preprocessing----FastQC、PRINSEQ1、FastQC(输入文件可以是fastq(压缩和未压缩均可),sam、bam文件。)fastqc *.f原创 2014-12-17 17:27:24 · 10893 阅读 · 0 评论 -
如何批量转换gi至ko
最近分析转录组数据,自己倒腾着做KEGG pathway的富集分析(许多转录组文章都是用KOBAS数据库http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do来做KEGG pathway的富集分析,但是该网站只能一次提交500条序列,如果差异表达基因超过500条就不能用该网站进行分析了)。得到了差异表达基因的gi号,如何快速将gi号映射为ko号是进行富集分析必须解决的问题。目前发现原创 2015-02-02 17:11:53 · 3268 阅读 · 0 评论