CAZyme注释

最新推荐文章于 2024-05-15 03:10:04 发布
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版权
CAZyme的数据来源于CAZyDB： www.cazy.org;

对CAZyme的注释主要使用dbCAN：http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/。

对CAZyme的注释步骤如下：

1. 从dbCAN中下载HMMs数据库

打开dbCAN网站的Download页面。下载其中的3个文件：all.hmm.ps.len，dbCAN-fam-HMMs.txt，hmmscan-parser.sh。

wget http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/download/all.hmm.ps.len

 wget http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/download/dbCAN-fam-HMMs.txt

 wget http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/download/hmmscan-parser.sh

chmod 755 *.sh

 

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huangliangbo0805
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