I .hkl2000:将x-ray 收集的图像编译转化为数字信息,得到的关键文件有.sca和.log ,log文件会给出hkl2000 处理的过程记录,sca文件是最终处理的输出文件。sca文件包含晶体的空间群等信息。带有可以被转化为电子密度图的信息。评价hkl2000处理是否成功的参数有数据完整度,最高分辨率等,一般希望处理出在完整度允许的情况下最高分辨率的数据。
分子置换前处理:ccp4 软件包
a. data reduction,即将sca文件转换为mtz文件。 用imported integrated data。
b. cell content analysis 这个是晶体中蛋白聚集体数的分析, 通过分析晶体含水量得到一个晶胞内的蛋白分子数。用mtz文件进行。含水量在40%-60%之间时对应得n即为正确值。这个聚集体数会在mr中使用。
II. model 选取:进行分子置换的model为已知的同源蛋白结构或硒代得到的pdb,对model的要求是越接近球形越好。一般用单体。从pdb库中下载了pdb后可以用vim编辑,选取自己想要的那一段做model。
WinGX is a MS-Windows system of programs for solving,refining and analysing single crystal X-ray diffraction data for smallmolecules. It provides a consistent and user-friendly GUI for some of the bestpublically available crystallographic programs. It is now fully compatiblewith the SHELX-2014 programs and has interfaces to the SirWare programs(SIR-97, SIR-2004, SIR-2008, SIR-2011) amongst others.
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