yu_bioinfo-CSDN博客

在解析x射线蛋白晶体结构过程中，最常用的方法就是分子置换，即进行molecular replacement（MR）时，输入合适的同源蛋白作为model，以及目标蛋白的mtz和sequence，来完成相位解析的过程。相位求解成功与否除了查看MR结束后的TFZ score（通常应该至少大于10）和LLG value（通常应该至少大于200）之外，还可通过后续的refmac查看Rfree（最好小于0.4）是否正常。相位求解不成功的因素有很多，比如数据本身的质量问题，或者是空间群晶胞参数等设置问题。

2023-05-29 14:55:50 1373 3

原创 python脚本一键重置PDB文件中蛋白的bfactor值

在晶体结构优化过程中，有时候由于蛋白的bfactor过高，蛋白链会出现大片奇奇怪怪差值密度的情况。这时候可以尝试在优化前对bfactor进行重置，奇怪的差值密度可能会有所改善。本文提供了可一键修改PDB文件中bfactor的python脚本。

2023-03-16 14:57:15 427

原创 Maxit: 实现PDB chain ID(s)自动重排

尤其是对于需要上传到PDB的结构，可以用它来进行蛋白链的重排，实现配体和溶剂分子(if they exist)自动位于对应的蛋白链之后的目的，无需在coot里手动调整。

2023-01-10 13:00:55 226

原创晶体衍射数据含有各向异性时的处理方法

可以通过auto_PROC的aP_scale这个模块，去做衍射数据的anisotropy correction。可以提高分辨率和数据质量。

2023-01-09 16:56:37 299

原创利用DIALS软件进行晶体结构解析流程（二）

利用DIALS软件进行晶体结构解析流程（二）

2023-01-09 16:11:48 230

原创利用DIALS软件进行晶体结构解析流程（一）

本文主要介绍了如何利用DIALS软件进行蛋白晶体结构解析数据的流程。

2022-10-28 15:45:17 981 3

原创 Ps钢笔工具抠图、更换背景及边缘优化步骤

一、文件——打开——选择要编辑的图片二、钢笔工具抠图（路径抠图最精确但比较慢的方法，适用于外形复杂、不连续、色差不大的图，如本次需要编辑的图片）三、目的：将背景换为白色背景。步骤如下：1、ctrl+j复制图层，然后选中左边工具栏的钢笔图标，上方的属性为路径。2、用钢笔工具沿着需要抠图的区域边界勾勒出一个闭合区，然后ctrl+回车键形成选区。3、形成选区后，ctrl+j复制图层，然后就可以用同样的步骤对右边的区域进行选区和图层复制。4、最右边可以发现目前已经有图层1（整体），图层2（左边区

2021-12-25 21:26:19 6433

转载一文读懂进化树

一、什么是进化树系统发育进化树 (Phylogenetic tree)：一般也叫系统进化树，进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或基因间的亲缘关系。建进化树的过程，用术语讲：分支系统发育分析 (Molecular phylogenetic analysis)：是...

2021-03-19 14:21:20 3872 1

原创 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510) does not match topology...

用gromacs做复合物动力学模拟时，运行加离子预处理的步骤完可能经常会出现如下错误：Fatal error:number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510)does not match topology (topol.top, 29680)即显示坐标文件和拓扑文件原子数目不对等的情况。我的第一反应是首先应该检查每一步的.gro文件和top文件是否正确，比如整理complex.gro时，总原子数目有没有修改，top末尾有没有添加配

2021-03-12 21:40:05 5640 8

原创 Amber进行DNA建模详细步骤

之前写过一篇关于利用Discover Studio进行DNA建模的步骤，很方便快捷，但是用它来提交到haddock进行分子对接时，由于格式不兼容，提交文件总是报错。所以改用Amber进行DNA建模。Amber中有一个专门用来进行DNA建模的工具：NAB，它属于AmberTools package的一部分，绝对路径一般在~/amber16/AmberTools/bin/nab创建一个DNA双螺旋结构分为两步：1、新建一个空白文档命名为 nuc.nad，并写入以下内容：molecule m;m = f

2021-03-08 21:50:16 2225 7

转载 Discovery Studio简介

discovery studio 简介 discovery studio是基于windows/Linux系统开发的面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境工具，服务于众多实验生物学家、药物化学家、结构生物学家等等，是非常强大且可靠的科研工具。特别是在最新的流程管理平台Pipeline Pilot基础上让数据能够共享和交流，使得我们的科研人员并不是一个人在研究，你可以和同样实用软件的用户进行交流，非常方便。 discovery studio 4.5还细分了众...

2020-12-05 21:52:23 6294 1

原创 Discovery studio使用之DNA建模

DNA建模通常是利用3D-DART, 但是现在3D-DART网站已经无法进入。如果还想用它进行DNA建模，需要通过docker container去运行它:https://github.com/haddocking/3D-DART-server/这里介绍如何利用Discovery studio软件对DNA进行建模。Tools—>Macromolecules—>Build and Edit Nucleic Acid左边设置中可以选择DNA的延伸方式（默认为向3‘端延伸），DNA类型（单链还

2020-12-05 21:27:58 2892

原创 Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL‘ found the [molecules] section of the file ‘topol.top‘

在利用gromacs进行动力学模拟过程中，添加离子时出现报错信息：Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL’ found the [molecules] section of the file ‘topol.top’而检查文件时发现topol.top正常。此时原因可能是由于拓扑文件在windows系统下处理过，行尾标记有问题。解决方案：用dos2unix工具处理一下拓扑文件。参考资料：https://www.cnblogs.com/luojinping

2020-12-05 20:59:20 2138 2

原创 sed命令抽离模拟结束后gro文件里的溶剂

在gromacs分子动力学模拟结束以后，可以将.gro文件转换成.pdb文件，然后抽掉里面的溶剂和离子进行后续的分析。可以使用sed命令抽掉溶剂分子，十分简单快捷。gmx editconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb #文件转换sed -i "/SOL/d" md_0_1.pdb #删除含有SOL所在的行最后可以再手动抽掉离子即可。...

2020-12-03 22:21:34 797

原创利用高斯和Amber生成乙酰辅酶A配体的拓扑文件

原创 python学习笔记之文件的读取

文件（file）： I/O(Input/Output)open函数打开文件，open（‘文件路径’），返回一个文件对象在windows中，系统默认路径为 \，例 D:\17717…而在python中需要将 \ 改为 /，或使用原始字符串，但要在路径前加 r。即：r 'D:\17717… ’file_obj = open(file_name)若用with…as…语句，则等价于：with open(file_name) as file_obj:passwith以后会自动关闭文件，不用手动

2020-11-13 22:32:58 100

原创 python学习笔记之类与对象

在开发中经常需要自定义一些对象。根据类来创建对象，对象是类的实例。像int() float() bool() str() list() dict() 都是类，内置类以小写字母开头，自定义类使用大写字母开头。语法：class Myclass(): passmc=MyClass()mc_2=MyClass() #创建了两个对象，均为一类对象，都是MyClass实例isinstance()用来检查一个对象是否是一个类的实例。例如 isinstance(mc, MyClass)类也

2020-11-13 21:34:36 83

原创三个或多个蛋白质结构的比对

之前一般只做了两个蛋白质结构的比对，打开pymol，先后导入两个蛋白质的pdb文件，然后align即可。如下图所示：当遇到需要再加一个蛋白质结构的比对时，我的第一反应也是利用pymol的align功能，但是发现与第三个加进来的结构比对时，另外一个就出去了，自己不知道如何将三个结构通过pymol叠加比对在一起。下面就介绍通过coot软件的方法针对多个结构比对的步骤：首先需要去coot官网(https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.p

2020-11-11 22:04:08 12588 4

yu_bio的博客

原创快速放置和Fit同源多聚体相同化合物的两种策略

原创 Wincoot消除拉式图里outlier的多种策略

原创 Pymol-symmetry对称分子的展示方法

原创 Pymol-电子密度图展示方法-PDB数据库已发表结构和自己晶体解析得到的结构密度图

原创 Pymol快速做出Surface-cartoon图详细步骤

原创安装jupyter notebook时出现Could not build wheels for psutil, argon2-cffi-bindings which use PEP......

原创 CCP4i2之蛋白结构自动构建：Autobuild protein