分子动力学编程建模能量出现nan,总是出错

最近在编程建模的时候出现了一个bug,运行的时候能量很大

yhrun: error: cn13595: tasks 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23: Segmentation fault
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: tasks 0,2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22: running
yhrun: tasks 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 4215460.0
slurmd[cn13595]: *** STEP 4215460.0 KILLED AT 2020-12-05T23:02:35 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn13595]: *** STEP 4215460.0 KILLED AT 2020-12-05T23:02:35 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: error: cn13595: tasks 0,2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22: Killed

经过漫长的煎熬,我找到了原因。

模型声明原子数多于实际原子数,导致几十个原子重叠,能量爆炸!!!!!

所以建模的时候要小心小心再小心,细致细致再细致。

 

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MATLAB可以用于建模分子动力学,通过编写程序来模拟分子系统的时间演化和热力学性质。使用MATLAB进行分子动力学建模的一般步骤如下: 1. 确定模拟体系:首先需要确定要模拟的分子系统,比如具体的分子种类和数量。在这个例子中,我们以氩气(Ar)分子为例。 2. 定义初始状态:为分子系统定义初始位置和速度,可以通过随机生成或根据实验数据设定。这些参数可以通过设置初始条件来控制分子的行为。 3. 设定力场:力场定义了分子之间的相互作用和运动方式,可以使用已有的力场参数库,比如经典力场(如Lennard-Jones势函数),或者根据需要自定义某种力场。 4. 模拟过程:使用数值积分方法(如Verlet法)来模拟分子系统的时间演化。在每个时间步长内,根据分子之间的相互作用力和运动方程来更新分子的位置和速度。 5. 结果分析:在模拟结束后,可以对模拟结果进行分析和可视化。比如计分子能量、密度、径向分布函数等,以及绘制分子的轨迹和动力学性质的图表。 需要注意的是,这只是一个简单的示例程序,实际应用中还有更多的技术和法需要考虑。但是通过使用MATLAB进行分子动力学模拟,我们可以更好地理解和研究分子系统的行为。希望这个回答能对对分子动力学模拟感兴趣的读者们提供一些参考和启示。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [基于MATLAB的分子动力学编程:Ar气体的分子运动](https://blog.csdn.net/m0_47037246/article/details/131671025)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [MATLAB机理建模方法](https://download.csdn.net/download/weixin_38628626/15444613)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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