【LAMMPS学习】三、构建LAMMPS(5)可选的构建设置

最新推荐文章于 2024-09-14 09:42:33 发布
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本文详细描述了如何使用CMake和make构建LAMMPS，涉及C++11标准兼容性、FFT库的选择与配置，包括KISSFFT、FFTW、MKL等，以及内存对齐、异常处理和浮点异常触发的相关设置。

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3、构建LAMMPS

3.5.可选的构建设置 

LAMMPS 可以通过多种可选设置来构建。每个小节都解释了如何使用 CMake 和 make 进行构建。

3.5.1. C++11 标准合规性 

编译 LAMMPS 需要 C++11 标准兼容编译器。 LAMMPS 2020 年 3 月 3 版是核心代码和大多数软件包与之前的 C++98 标准兼容的最后一个版本。当前使用的大多数 C++ 编译器都与 C++11 兼容，但一些较旧的编译器可能需要额外的标志来启用 C++11 合规性。 GNU c++ 4.8.x 的示例：

CCFLAGS = -g -O3 -std=c++11

3.5.2. FFT 库 

当 KSPACE 包包含在

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然后它会提示您一个对话框，您可以在其中选择安装目录，解压并复制多个可执行文件、潜在文件、文档 PDF、选定的示例文件等。请注意，要更新到较新的LAMMPS版本，通常应该卸载当前的版本，下载新的安装程序，然后执行上面描述的安装过程。您可以安装多个版本的LAMMPS(在不同的目录中)，但是只有最后安装的包的可执行文件才会被自动找到，所以这应该只用于调试目的。当您下载并安装预编译的LAMMPS可执行文件时，您只能安装可用的LAMMPS版本以及这些构建中包含的特性。但是对于在构建中包含或排除哪些特性，您有更大的。
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文件中定义的命令行。强制计算或修改样式（例如，非绑定和绑定交互的样式以及选定的修复程序）的测试是通过使用更通用的测试程序来运行的，该程序从 YAML 格式的文件中读取其输入。要添加尚未涵盖的样式的测试，通常最好将类似样式的 YAML 文件复制到新文件，编辑样式的详细信息（如何调用它，如何设置其系数）并然后使用 -g 运行测试命令，并使用重新生成的文件或 -u 选项替换初始测试文件。它有一个模块化的测试框架，可以进行调整，以帮助在问题变成错误之前识别问题，并帮助实现大型代码库（如 LAMMPS）的现代化。
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怎么用matlab构建lammps中不同晶面下的完美模型
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在MATLAB中构建LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）中的不同晶面下的完美模型通常需要几个步骤。LAMMPS本身是一个分子动力学模拟软件，而MATLAB可以作为与其交互的工具，通过编写脚本来处理结构生成。以下是创建过程的大致概述： 1. **理解晶格结构**：首先，你需要了解你要模拟的晶体的结构类型，比如立方、面心立方、体心立方等，并确定其对应的晶格常数。 2. **数学描述晶面**：对于特定的晶面，例如(100)、(110)或(111)，你需要用Miller指数来表示。你可以利用MATLAB的矩阵操作来计算向量和角度，以便形成正确的晶面方向。 3. **构建原子坐标**：使用LAMMPS提供的命令行接口（如`lmp_read`），你可以创建一个空的输入文件。在MATLAB中，这可能涉及到创建二维矩阵，其中包含每个原子的x, y, z坐标，以及它们相对于晶面的关系。 4. **位错引入（可选）**：如果你需要模拟带有缺陷的模型，比如位错，可以在原始结构上进行适当的修改，添加额外的原子或移动现有原子的位置。 5. **写入LAMMPS数据文件**：将原子坐标和其他必要的信息（如类型、键合信息）写入`.dat`或`.in`文件格式，这是LAMMPS可以直接读取的数据格式。 6. **运行LAMMPS**：最后，在MATLAB中调用系统命令或者其他外部程序来运行生成的LAMMPS输入文件。 ```matlab % 示例代码片段 atoms = ...; % 你的原子坐标数据 file = 'your_lattice.in'; % 存储原子数据的文件名 fid = fopen(file, 'w'); fprintf(fid, 'data\n'); % LAMMPS开始数据部分 fprintf(fid, '%d\n', atoms(:, 1)); % 指定原子数目 fprintf(fid, '\nunits metal\n'); % 使用金属单位 % 写入更多原子信息... fclose(fid); % 运行LAMMPS [~, ~] = system(['lmp_serial < ', file]); % 注意这里的路径 ``` 记得检查LAMMPS的帮助文档或者官方教程，因为具体的指令可能会因版本的不同而有所变化。
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