批量更改fasta文件名为序列ID名

shell

#!/bin/bash

# 循环遍历当前目录下所有的 .fasta 文件
for file in *.fasta
do 
    # 提取第一个序列ID（假设ID在'>'符号之后，以空格或换行结束）
    new_id=$(awk '/^>/ {print substr($1, 2); exit}' "$file")

    # 检查new_id是否为空，以防止空ID的情况
    if [ -n "$new_id" ]; then
        # 去除可能的路径分隔符
        new_id=$(echo "$new_id" | sed 's/[\/:*?"<>|]/_/g')

        # 构造新的文件名
        new_filename="${new_id}.fasta"
        
        # 重命名文件
        mv "$file" "$new_filename"
        
        echo "Renamed $file to $new_filename"
    else
        echo "Warning: $file has no valid ID. Skipping."
    fi
done

 

实现重命名目录中所有.fasta文件的功能。下面是对脚本的解释：

• 脚本循环遍历当前目录下所有的 .fasta 文件。
• 使用 awk 提取第一个序列ID，并去掉开头的 > 符号。
• 检查提取的 new_id 是否为空，以防止出现空ID的情况。
• 构造新的文件名并重命名文件。
• 输出重命名信息或者警告信息。