vaa3d_神经元追踪算法介绍之MOST_neuron tracing

Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morphology from Light Microscopy Images with Augmented Rayburst Sampling

Ming X, Li A, Wu J, Yan C, Ding W, et al. (2013) 
Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morphology from Light Microscopy Images with Augmented Rayburst Sampling.
PLoS ONE 8(12): e84557. doi:10.1371/journal.pone.0084557

华中科技大学
2013年12月发表在PLOS ONE上 
PLOS ONE是SCI三区期刊

主要内容

单阈值二值化，每一个连通域内生成一个种子点。
步进式追踪。采用局部的前景信息。
每走一步，将周围半径以内球形标记为已追踪。
提取前进方向的半球形以内，半径<d<半径+2 内前景。聚类，聚类的中心点作为下一个点的位置。为什么是半球形是因为要屏蔽往回的方向。
获取下一步方向。每一步的步长约等于半径。

算法的缺点

不能跨越gap
看似形状符合，但是实际上可能每一个连通域内有一个-1点。也就是说不是连在一起的。

算法的特点

采用局部的信息，不用生成其他的信息，运算速度很快。
步进式的追踪，每走一步判断一步。