Vaa3d中的neuroGPS-Tree追踪算法

参考文献

• [1 ] Quan T, Zhou H, Li J, et al. NeuroGPS-Tree: automatic reconstruction of large-scale neuronal populations with dense neurites[J]. Nature methods, 2016, 13(1): 51.

这篇文章发表在Nature Methods 上，SCI 1区。

http://hustxb.cuepa.cn/show_more.php?tkey=&bkey=&doc_id=1360891
华中科技大学校报上说，该研究借鉴人脑执行知觉功能时的先整体后局部的识别策略，递进式地利用多尺度信息，快速从神经元的三维荧光图像中重建出神经元群落。

主要内容

这篇文章，对于单个神经元细胞追踪用的篇幅比较少。这部分主要的内容在之前的工作。

• [1] Quan T, Zheng T, Yang Z, et al. NeuroGPS: automated localization of neurons for brain circuits using L1 minimization model[J]. Scientific reports, 2013, 3: 1414.

文章说他们除了局部像素强度信息，还用到了结构信息和统计信息，但是没有详细的描述，这部分的内容应该是在代码里面体现了。

NeuroGPS-Tree uses signal information at different scales to identify spurious links.

这篇文章主要的内容讲的是多个神经元经过重建之后，可能会产生错误的连接。

1.首先，去除掉的是不符合结构特征的信息。文章中说能够去除3种信息。
2.找沟通两个SOMA的桥，并切断这种连接。

1. 如果某一条轴突直接连接SOMA，那这条轴突一定是归属于该SOMA。
2. 上一步被指定轴突被排除，与其他SOMA没有连接的，也被排除。
3. 没有被排除的突触被认为是桥。在对比桥的端点信号强度对比后，未指定的突触之间的桥和桥的一个端点被删除

3.最后，标记神经元树的冗余部分。

The procedure for identifying spurious links. In the left-hand panel,
spurious links (red dots) are defined and deleted after confirmation
of the neurites’ directions (red arrows). The center panel illustrates
the segmentation of the blended trees. First, neurites that connect
directly to the soma are assigned to their own soma. Second, the
assigned neurites (gray) are deleted, and the neurites that have no
links to any other soma (purple) are assigned to the soma directly
connected to the deleted neurites. Third, a bridge from the unassigned
neurite is identified (black), and one end of the bridge (red dot) is
deleted on the basis of comparison of the signal strengths of the two
ends of the bridge. In the right-hand panel, a neuronal tree is
revised after the redundant neurites (red) have been identified.