vaa3d_神经元追踪算法介绍之半自动追踪算法_neuron tracing

最新推荐文章于 2023-07-17 11:40:31 发布
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分类专栏： Vaa3d neuron tracing #半自动追踪 文章标签： neuron tracing 半自动追踪
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版权

介绍一篇半自动追踪算法

Zandt B J , Losneg?Rd A , Hodneland E , et al. 
Semi-automatic 3D morphological reconstruction of neurons with densely branching morphology: Application to retinal AII amacrine cells imaged with multi-photon excitation microscopy[J]. 
Journal of Neuroscience Methods, 2017, 279(Complete):101-118.
SCI 三区

主要流程

1.	反卷积去噪
2.	手动圈出平面内neuron存在的区域，其他区域置0.
3.	初始分割自适应阈值。自适应阈值=5%最大图像强度+自适应值，分割轴突
4.	全局固定阈值分割，分割SOMA和树突。11%最大图像强度，去除所有20体素以下部分。
5.	Fast marching 骨骼化 最小生成树
6.	手动确定SOMA轮廓，去除SOMA区域内所有的小分支。骨骼化在SOMA上会带来错误

特点

 除了DIADEM metric 还用到了 Dice coefficient这么一个量纲
远野贵树97
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