LCWGS(7)在Linux服务器上安装bamUtil

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bamUtil 是一个包含几个对SAM/BAM文件执行操作的程序，所有这些程序都内置在一个可执行文件bam中。

BamUtil 官网：https://genome.sph.umich.edu/wiki/BamUtil

bamUtil是由C++编写的，由于我是非root用户，所以这里我放弃了从源代码编译安装，直接从conda 环境安装。

1. 进入conda环境

新建或进入已有的conda环境，这里我进入conda base环境。

2. 下载bamUtil

利用如下命令安装bamutil，其中 -c 后面的参数指channel，中途输入y，用来确认继续安装。

conda install -c bioconda bamutil

 

命令行输入bam，如果出现下面结果，说明安装成功。

参考：

【1】 bioconda/packages/bamutil 1.0.15 链接：https://anaconda.org/bioconda/bamutil

作者：贾思特

日期：2023-4-29

Junbo_Just_Jia
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