解决samtools将sam文件转换为bam文件时多条重复错误的方法：Duplicate entry “1“ in sam header

我今天在用samtools将比对好的sam文件转换为bam文件时，一直出现多条重复的错误，如下图

我尝试了很多方法，找到了bamutil这个软件，可以解决这个问题，

但如果只有一条重复，那可以用下面这个方法

#打印重复的内容  && /1/ ，1需要换成你重复的内容值
awk '/^@/ && /1/ { print } /^[^@]/ { exit }' aln-pe.sam

#删除重复的内容  { if (/:1/)  这里面的/:1/，:1需要换成你重复的内容值，冒号要保留，还有:1前后的“/”
awk 'BEGIN { i = 0; } /^@/ { if (/:1/) { if (i++ < 1) { print; } } else { print } } /^[^@]/ { print }' SRR.sam > SRR_fixed.sam

#删除之后，在用samtools转换就可以了

多条重复，可以使用bamutil这个软件

#安装bamutil
conda install -c bioconda bamutil

#sam转为bam
bam convert  --in SRR.sam  --out SRR_2.bam

#samtools 排序
samtools sort SRR_2.bam -o SRR_2_sorted.bam

#bam转换为无序bam （dedup 输入的文件必须是sorted的）
bam dedup --in SRR_2_sorted.bam --out ./SRR_3.bam