LCWGS(4)在Linux服务器上安装Picard

已于 2023-04-28 20:15:47 修改
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文章标签： linux 运维 服务器
于 2023-04-28 20:13:18 首次发布
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Picard是一组用于处理高通量测序数据，以及SAM/BAM/CRAM和VCF格式数据的命令行工具。

官网：https://broadinstitute.github.io/picard/

下面介绍如何在Linux服务器上安装Picard。由于按照官网说明，安装单个可执行的jar文件未能成功运行，以及克隆github源代码，利用./gradlew shadowJar也未能成功安装，这里介绍利用conda 环境安装Picard.

1. 进入conda环境

新建或者进入已有的conda环境。这里我进入自己的conda base环境

conda activate base

 2. 安装Picard

利用如下代码安装picard，-c 后面的参数为channal。中途输入y，用来确认继续安装

conda install -c bioconda picard

 安装完成后，输入picard，如果出现如下结果，说明安装成功。

参考：

【1】bioconda/packages/picard 3.0.0 链接：https://anaconda.org/bioconda/picard

作者：贾思特

日期：2023-4-28

Junbo_Just_Jia
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