LCWGS(8)在Linux服务器上安装ANGSD

最新推荐文章于 2024-07-23 17:45:23 发布
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文章标签： linux 运维 服务器
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ANGSD（Analysis of Next Generation Sequencing Data）是一个二代测序数据分析软件，它可以处理从映射上的读段到填充的基因型概率的多种不同输入类型。软件中的多数方法考虑了基因型的不确定性，而非识别的基因型，因此，它对中低深度的测序数据尤其有用。

ANGSD 官网：http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD

ANGSD 是C++编写的程序，由于博主是非root用户，因此不能通过编译安装该软件，这里介绍用conda 环境安装ANGSD.。

1. 进入conda 虚拟环境

新建或进入已有的conda 环境，这里博主进入conda base环境。

2. 安装ANGSD

利用如下代码安装ANGSD，中途输入y，用来确认继续安装。

conda install -c bioconda angsd

 输

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Junbo_Just_Jia
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当编译ANGSD软件是遇到：SIZE_MAX’ was not declared in this scope报错 在安装ANGSD软件时进行编译make HTSSRC=../htslib这一步时报错SIZE_MAX’ was not declared in this scope导致编译不成功 问题描述： [c@mu01 angsd-master]$ make HTSSRC=../htslib-develop HTSSRC defined g++ -c -I/202009/ANgsd/htslib-d.
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