bamUtil 是一个包含几个对SAM/BAM文件执行操作的程序,所有这些程序都内置在一个可执行文件bam中。
BamUtil 官网:https://genome.sph.umich.edu/wiki/BamUtil
bamUtil是由C++编写的,由于我是非root用户,所以这里我放弃了从源代码编译安装,直接从conda 环境安装。
1. 进入conda环境
新建或进入已有的conda环境,这里我进入conda base环境。
2. 下载bamUtil
利用如下命令安装bamutil,其中 -c 后面的参数指channel,中途输入y,用来确认继续安装。
conda install -c bioconda bamutil
命令行输入bam,如果出现下面结果,说明安装成功。
参考:
【1】 bioconda/packages/bamutil 1.0.15 链接:https://anaconda.org/bioconda/bamutil
作者:贾思特
日期:2023-4-29