刷题记录——DNA序列

刷题记录——DNA序列

关键字：字符串、滑动窗口

1.题目描述

描述
一个 DNA 序列由 A/C/G/T 四个字母的排列组合组成。 G 和 C 的比例（定义为 GC-Ratio ）是序列中 G 和 C 两个字母的总的出现次数除以总的字母数目（也就是序列长度）。在基因工程中，这个比例非常重要。因为高的 GC-Ratio 可能是基因的起始点。

给定一个很长的 DNA 序列，以及限定的子串长度 N ，请帮助研究人员在给出的 DNA 序列中从左往右找出 GC-Ratio 最高且长度为 N 的第一个子串。
DNA序列为 ACGT 的子串有: ACG , CG , CGT 等等，但是没有 AGT ， CT 等等

数据范围：
字符串长度满足 1≤n≤1000 ，输入的字符串只包含 A/C/G/T 字母

输入描述：
输入一个string型基因序列，和int型子串的长度

输出描述：
找出GC比例最高的子串,如果有多个则输出第一个的子串

示例1

输入：
ACGT
2
输出：
CG
说明：
ACGT长度为2的子串有AC,CG,GT3个，其中AC和GT2个的GC-Ratio都为0.5，CG为1，故输出CG   

示例2

输入：
AACTGTGCACGACCTGA
5
输出：
GCACG
说明：
虽然CGACC的GC-Ratio也是最高，但它是从左往右找到的GC-Ratio最高的第2个子串，所以只能输出GCACG。    

2.题目解答

使用正则表达式

import java.util.*;
public class Main{
    public static void main(String [] args){
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        while(sc.hasNext()){
            String str = sc.nextLine();
            int n = Integer.parseInt(sc.nextLine());
            int maxValue = 0;
            String result = "";
            for(int i = 0 ; i < str.length() - n+1 ; i++){
                String aim = str.substring(i, i + n);
                String res = aim.replaceAll("[^CG]","");
                int cur = res.length() ;
                if( cur > maxValue){
                    maxValue = cur;
                    result = aim;
                }
            }
            System.out.println(result);
        }
    }
}

滑动窗口

import java.util.*;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        while (scanner.hasNext()) {
            String str = scanner.next();
            int n = scanner.nextInt();
            System.out.println(Solution(str, n));
        }
    }
    
    public static String Solution(String str, int n) {
        int left = 0, right = 0;
        int start = 0, count = 0, max = 0;
        while(right < str.length()) {
            char c = str.charAt(right++);
            if(c == 'C' || c == 'G') {
                count++;
            }
            if(count > max){
                max = count;
                start = left;
                if(count == n) {
                    return str.substring(start, start + n);
                }
            }
            // 窗口缩小
            if(right - left >= n) {
                char d = str.charAt(left++);
                if(d == 'C' || d == 'G') {
                    count--;
                }
            }
        }
        return str.substring(start, start + n);
    }
}