生信刷题之ROSALIND——Part 1

写在前面

ROSALIND: https://rosalind.info/problems/locations/

Rosalind是一个通过解决问题来学习生物信息学和编程的平台。使用此刷题网站的好处是在学习生物信息学的同时，能够加强编程能力，并且在实践中学习，快速进步。

在此将题目与答案记录下来，方便日后翻阅查看，如有错误还望读者批评指正。
刷题之前，需要提前安装配置好python。 笔者使用的python版本是3.9.7，版本不同，相应的代码可能会有差别，需要注意一下。

1、Counting DNA Nucleotides

Problem

碱基是组成遗传密码的基本单元，其中碱基A、G、C、T存在于DNA中，而A、G、C、U存在于RNA中。（A:腺嘌呤，G：鸟嘌呤，C：胞嘧啶，T：胸腺嘧啶，U：尿嘧啶）
DNA双螺旋结构中，位于两条方向相反、相互平行多核苷酸链上的嘌呤嘧啶碱基，围绕着螺旋轴，通过形成氢键，互相搭配成对，称为碱基配对。碱基配对，即一条长链上的A，总是与另一条长链上的T形成氢键; 而G总是与C形成氢键。即A=T、G≡C。

Given： 一条DNA链 s ，其长度不超过1000 nt。

Return： 四个整数(用空格分隔)，分别计算符号“A”、“C”、“G”和“T”在 s 中出现的次数。

Sample Dataset

AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC

Sample Output

20 12 17 21

Code

# Counting DNA Nucleotides

def count(s):
    A_count = s.count("A")
    C_count = s.count("C")
    G_count = s.count("G")
    T_count = s.count("T")
    return A_count, C_count, G_count, T_count


example = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"
A, C, G, T = count(example)
print(f"{
     A} {
     C} {
     G} {
     T}")

with open('rosalind_dna.txt', 'r') as file:
    DNA = file.read()
    # print(f"The length of this file is {len(DNA)}")
    A, C, G, T = count(DNA)
    print(f"{
     A} {
     C} {
     G} {
     T}")
    

Output

20 12 17 21
215 243 237 245

注意

• 答题时，会下载一个文件，需要基于下载的文件进行操作
• 每次下载的