我5分钟做了模式植物的GO和KEGG富集分析,并创建了orgDb数据库

原文教程:我5分钟做了模式植物的GO和KEGG富集分析,并创建了orgDb数据库

一边学习,一边总结,一边分享!

本期教程

GO富集

获得本教程Data and Code,请在后台回复:20240811

2022年教程总汇

https://mp.weixin.qq.com/s/Lnl258WhbK2a8pRZFuIyVg

2023年教程总汇

https://mp.weixin.qq.com/s/wCTswNP8iHMNvu5GQauHdg

写在前面

我们在前面的教程分享了模式植物构建orgDb数据库 | 以org.Slycompersicum.eg.db为例,这两天也做对应的分析,但是发现前面的代码速度太慢了,以及会出现报错的情况。

那么我们也做了对应的优化,可以大大减少花费时间,以及减少我们的报错。

现在我们的代码,可以直接读取eggnog分析获得数据,非常的方便。

此外,我们在这里依旧推荐大家使用本地的Egg-mapper进行注释,我自己使用下来,非常的快捷。虽然网页版的Egg-mapper工具,现在可以支持最多10000条的序列,但是速度依旧是比较慢的。

此外,本地使用Egg-mapper使用时,数据库的下载可能对新手小白具有挑战性,若是本推文阅读量超过5000+,我们也会视频讲解+文本,手把手教大家。


Code

本次,我们依旧使用我们的一

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