最短编辑距离变形----DNA对比问题

本文介绍了如何运用动态规划解决蓝桥杯软件大赛中关于DNA比对的最短编辑距离问题。详细阐述了问题分析、状态设计、状态转移方程以及决策过程,并给出了代码实现。
摘要由CSDN通过智能技术生成

最近做了做蓝桥杯软件大赛的题目,做到了一道需要用动态规划解决的问题。网上搜了一下,发现可参考的资源非常少。可能大牛们都没怎么听说过软件大赛吧,那就让我这棵弱菜写篇博客,介绍一下自己的思路吧!

更改说明:

写完博客后,总感觉可能我的方法有点问题,所以又在网上找了别人的代码生成了几组数据,发现果然有出入,于是又从新审了一下 题,发现自己把题意理解错了。
请看题目第三个条件3.重码,也就是说如果要在一个位置插入G,则该位置的前一个位置也应该为G,所以思路需要修改一下。但是,至此仍不能保证算法的正确性。

声明:

由于我没有软件大赛的测试数据,所以只是测了一些自己想的数据,所以 不能保证算法的正确性,如有错误还望大家指正。另外,由于本人水平十分有限,博客写的可能很难看懂,并且也不严谨,还望大家见谅。

题目:

脱氧核糖核酸即常说的DNA,是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为:A、G、C、T。
    DNA携带的遗传信息可以用形如:AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差,这才最终造就了生物的多样性。
    为了简化问题,我们假设,DNA在复制的时候可能出现的偏差是(理论上,对每个碱基被复制时,都可能出现偏差):
  1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为:AGT
        2. 错码ÿ

可以使用最短编辑距离算法和Java-diff-utils库来编写比对程序。最短编辑距离算法可以用来计算两个字符串之间的最小编辑操作数,而Java-diff-utils库可以帮助我们生成两个字符串之间的差异。 首先,你需要导入Java-diff-utils库到你的项目。你可以在Maven或Gradle的配置文件添加相应的依赖项来引入该库。 接下来,你可以使用最短编辑距离算法(例如Levenshtein距离)来计算两个字符串之间的最小编辑操作数。你可以实现一个函数来计算最小编辑距离,例如: ```java public static int calculateEditDistance(String str1, String str2) { int m = str1.length(); int n = str2.length(); int[][] dp = new int[m + 1][n + 1]; for (int i = 0; i <= m; i++) { dp[i][0] = i; } for (int j = 0; j <= n; j++) { dp[0][j] = j; } for (int i = 1; i <= m; i++) { for (int j = 1; j <= n; j++) { if (str1.charAt(i - 1) == str2.charAt(j - 1)) { dp[i][j] = dp[i - 1][j - 1]; } else { dp[i][j] = 1 + Math.min(dp[i - 1][j - 1], Math.min(dp[i][j - 1], dp[i - 1][j])); } } } return dp[m][n]; } ``` 然后,你可以使用Java-diff-utils库来生成两个字符串之间的差异。你可以实现一个函数来比较两个字符串,并返回差异结果,例如: ```java public static String compareStrings(String str1, String str2) { Patch<String> patch = DiffUtils.diff(Arrays.asList(str1.split("\\n")), Arrays.asList(str2.split("\\n"))); List<Delta<String>> deltas = patch.getDeltas(); StringBuilder result = new StringBuilder(); for (Delta<String> delta : deltas) { result.append(delta).append("\n"); } return result.toString(); } ``` 在这个例子,我们将两个字符串按行分割,并使用Java-diff-utils库的`DiffUtils.diff`方法来获取差异。然后,我们遍历差异列表,并将每个差异添加到结果字符串。 请注意,这只是一个简单的示例,你可能需要根据你的实际需求进行适当的修改和调整。 希望这能帮助到你!如果你还有其他问题,请随时提问。
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