蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取

最新推荐文章于 2024-10-28 17:00:48 发布
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分类专栏： 研究 文章标签： python
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PSSM矩阵的两种生成方式
xiaobai1_1的博客
11-11 5714
一、本地生成方式——PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64） 本地生成需要自己下载ncbi-blast，还要自己动手安装及环境变量的配置；然后还要自己进行数据库构建，而一般我们需要拿来比对的数据库都比较大，下载很浪费时间。 具体操作方式可以参考以下文章： https://blog.csdn.net/xiaobai1_1/article/details/103224665 二、POSSUM服务器服务器在线生成http://possum.erc.monash.edu/ POSSUM服务
hhblits、pssm、psfm
weixin_63016274的博客
02-16 788
hhblits、pssm、psfm
PSSM(一)-什么是PSSM
一个bug是bug，多个bug能work
04-29 1697
PSSM（一）-什么是PSSM
获取PSSM蛋白质位置矩阵
leeleeleeastro的博客
01-23 1067
##python实现，pssm矩阵的构建过程，学习版
蛋白质功能预测中PSSM矩阵的生成
热门推荐
CBB_FT的博客
05-07 1万+
生成PSSM矩阵
Blast生成蛋白质序列位置特异性矩阵-PSSM矩阵详细版
Daisy4的博客
10-16 7008
在学习蛋白质蛋白质相互作用时看到了PSSM矩阵，就学习了一下如何生成的，具体步骤如下。 1.下载安装 网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 2.正常运行安装 此处并不产生任何快捷方式，不要反复下（都是踩过的坑）。 会产生一个blast文件夹 3.cmd-运行-powershell cd指令进入blast 或者 在blast中shift键+右击，进入powershell 4.下载数据库 网址：​..
位置特异性得分矩阵_线性代数-2.矩阵
weixin_39715348的博客
11-03 1092
基本构成矩阵的构成，是简单而直观的。若以三维向量空间为例，存在两个向量 ，将它们列在一起然后用 或是 将它们括起来，即构成一个三列两行的矩阵： 虽然矩阵所代表的含义，从不同的角度与应用领域都有所不同，但是在线性代数中，我们还是从更为核心的向量及线性变换的角度出发去看待矩阵。因此，可以看到，矩阵实际上，就如同我们在实数域中，将若干个实数用 括起来组成一个实数的集合一样，它则是将向量空间中的若...
使用减少的PSSM和基于位置的二级结构特征预测低相似序列的蛋白质结构类别。
05-07
本文中，研究人员提出了使用减少的PSSM（Position Specific Scoring Matrices，位置特异性打分矩阵）和基于位置的二级结构特征来预测低相似序列的蛋白质结构类别，并取得了较好的预测效果。 首先，让我们解释一下...
使用Bio.motifs进行模体序列分析——位置特异性得分矩阵
在生物信息学中，位置特异性得分矩阵（Position Specific Scoring Matrix，PSSM）或Position Weight Matrix（PWM）是一种用于描述核酸或蛋白质序列中特定短序列模式（motif）的方法。这些矩阵通常通过统计分析实验...
使用Bio.motifs进行模体序列分析：位置特异性得分矩阵解析
在生物信息学中，位置特异性得分矩阵（PSSM）是一种用于表示DNA或蛋白质序列中特定模式（motif）频率或偏好性的数学模型。PSSM通过统计每个位置上不同核苷酸或氨基酸出现的次数，然后转换成得分，反映该位置出现某种...
PSSM算法英文原版
04-24
与级联阴影映射算法相似，同样将场景划分区块进行不同程度的渲染
位置权重矩阵与位置特异性打分矩阵
最新发布
03-01
### 位置权重矩阵（PWM）和位置特异性得分矩阵（PSSM） #### 定义 位置权重矩阵（Position Weight Matrix, PWM），也称为位置频率矩阵（PFM），用于描述转录因子结合位点或其他DNA/RNA序列模式的概率分布。PWM通过...
PSSM矩阵（位置权重矩阵）
zjy1125的博客
05-18 9210
PSSM矩阵（位置权重矩阵） 定义 -参考维基百科 -同时参考这篇优秀的博客： http://www.nohup.cc/article/112/ 可以反映出每个位置上不同碱基出现的频率，矩阵每一列表示相应位置上碱基出现的频率。 构造PSSM的第一步：通过计算每个位置上每个碱基出现的次数来创建一个基本频率矩阵（PFM) 第二步：标准化，用每个位置的原核苷酸计数除以序列数。构建位置频率矩阵 给定一个长度为l的序列集合X (N), 第三步：构建位置比重矩阵 获得PSSM矩阵 参考了以下博客： -ht
PSI-BLAST位点特异性矩阵PSSM和ProteinMPNN中氨基酸顺序映射
qq_27390023的博客
10-28 690
是一个稀疏矩阵，其中每一行和每一列通常只有一个元素为 1，其他元素为 0。该矩阵的作用是将一个向量或矩阵的元素按照预定的规则重新排列。例如，如果有一个数据集按字母表A排序，而模型要求数据按照字母表B排序，则可以实现将A转换成B的映射。
Improved detection of DNA-binding proteins via compression technology on PSSM information论文笔记
u013841458的博客
08-08 1459
论文题目：Improved detection of DNA-binding proteins via compression technology on PSSM information 通过PSSM信息上的压缩技术改进DNA结合蛋白的检测 Abstract： 由于已经认识到DNA结合蛋白在多种生物分子功能中的重要性，越来越多的研究人员正试图鉴定DNA结合蛋白。 近年来，由于蛋白质序...
python 服务器批处理得到PSSM矩阵
Daisy4的博客
07-20 1742
批处理获得蛋白质的PSSM矩阵
如何生成PSSM矩阵
weixin_43405130的博客
01-03 5764
这里写自定义目录标题如何生成pssm矩阵1.安装psiblast软件2.添加数据库3.使用功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图...
linux系统下使用psi_blast生成位置特异性打分矩阵（PSSM)
isxz
01-17 7684
作为一个新手，初次使用PSSM矩阵，感觉无从下手，经过一番研究，终于得到了生成PSSM矩阵的方法，为了给更多像我这样的小白一点思路，特写下我做PSSM矩阵的一些方法，希望能给大家一些帮助，也欢迎大家进行批评指正。 1.下载ncbi-blast,下载地址为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/，选择适合自己电脑的版本...
PSSM特征-从生成到处理
D.W 的专栏
07-07 1万+
以下代码均为个人原创，如有疑问，欢迎交流。新浪微博：拾毅者本节内容： pssm生成 pssm简化 标准的pssm构建 滑动pssm生成 在基于蛋白质序列的相关预测中，使用PSSM打分矩阵会得将预测效果大大提高，同时，如果使用滑动的PSSM，效果又会进一步提高。这里主要以分享代码为主，下面介绍下PSSM从生成到处理的全过程。1.PSSM的生成PSSM的生成有多种方式，这里使用的psiblast软件，n
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