hhblits、pssm、psfm

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分类专栏： 随便写写 文章标签： 算法
于 2023-02-16 17:28:22 首次发布
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HHblits是一种快速且敏感的蛋白质同源检测工具，通过迭代HMM-HMM比较进行功能分析。PSSM是位置特异权重矩阵，记录了多序列比对中每个位置上氨基酸出现的百分比，反映进化信息。PSFM类似，但关注的是残基的保守性。HHblits可用于生成MSA，而PSSM和PSFM用于分析蛋白质序列的保守性和特征。
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Mystra
06-15 421
使用Blast本地数据库获得PSSM特征矩阵
Javis486的专栏
04-08 4650
1.下载数据db文件 这次主要用到2中类型的蛋白质数据nr和nt，下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db，由于nr和nt比较大，建议使用迅雷下载分割的小文件(nr64个,nt45个)，如nr.00.tar.gz 2.解压所有的.gz文件 可以使用通配符解压(不知为何中途出错)， tar -xzvf *.gz 也可以使用脚本命令解压，下面给出pyt
hhblits 格式转换错误错误
Gentlezzx的博客
11-06 1100
hhblits在进行a3m到aln格式转换时生成的文件是错误的，aln应该是a3m文件去除所有小写字母之后的结果。 hhblits在进行这一处理时，加入了太多的gap，导致MSA特别稀疏。 正确转换可参考如下代码： def convert_a3m_to_aln(a3m_path, aln_path): aln = [] with open(a3m_path, mode='r') a...
hhblits——正确版本的安装
Gentlezzx的博客
11-04 3209
先上安装方法，其实就按着官网的来就可以： git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. .. make -j 4 && make install expor...
生信-ubuntu安装hhblits
Gentlezzx的博客
08-18 1189
sudo apt-get upgrade sudo apt-get install hhsuite hhblits -h验证安装成功
Linux下安装Psi-Blast，HHblits和MUFoldSS，用于预测蛋白质二级结构
续起大胡子
12-09 1500
蛋白质二级结构预测
pssm
heiyubai027的博客
10-08 1164
本文中的Windows平台本地化blast2.9生成pssm的方法主要来源于以下两篇文章 https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650 https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650 然后根据自己的实际情况以及文件的路径略微进行了调整。 1、cm...
PSSM算法英文原版
04-24
PSSM（Parallel-Split Shadow Maps）算法是一种用于实时光阴影渲染的高效算法，主要用于处理大规模虚拟环境中的软阴影效果。PSSM算法在提高阴影渲染质量的同时，减少了图像上的锯齿现象，这是由于使用视图平面平行的...
ABC.rar_ABC_PSSM ON EXCEL_PSSM matlab
09-24
标题 "ABC.rar_ABC_PSSM ON EXCEL_PSSM matlab" 暗示了这是一个关于如何在Excel中提取PSSM（Position Specific Scoring Matrix）信息，并将其导入MATLAB进行处理的教程或资源包。PSSM是一种生物信息学中的矩阵模型，...
gpu_pssm:基于 GPU 的滑动窗口 PSSM 评分实现
06-20
GPU PSSM 滑动窗口 这是 Python 中滑动窗口矩阵评分方法的基于 GPU 的实现。 它加快了对大量序列数据的评分，对于宏基因组等更大的数据集很有用。 在此存储库中，您将找到： gpu_pssm.py ：包含主要评分函数score...
蛋白序列比对生成多序列比对（MSA）文件
qq_27390023的博客
11-03 1861
【代码】蛋白序列比对生成多序列比对（MSA）文件。
PSSM(一)-什么是PSSM
only my railgun
04-29 1566
PSSM（一）-什么是PSSM
python运行hhblits二进制命令的包装器类
qq_27390023的博客
11-21 392
是 HMM-HMM（Hidden Markov Model to Hidden Markov Model）比对方法的一部分，也是 HMMER 软件套件中的工具之一。这使得它相对于传统的序列-序列比对方法更能捕捉蛋白质家族的模式和结构。支持迭代比对的策略，通过在每一轮中更新模型，逐渐提高比对的灵敏度。被设计用于检测远缘同源蛋白质，即那些在序列上相对较远但在结构和功能上相似的蛋白质。的设计目标是在保持高灵敏度的同时，降低假阳性的比对，以提高比对的特异性。在大型蛋白质数据库中搜索与给定蛋白质序列相似的蛋白质。
HH-suite：生物信息学中的蛋白质结构预测神器
gitblog_00026的博客
04-17 839
HH-suite：生物信息学中的蛋白质结构预测神器 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/hh/hh-suite 是一个强大的开源工具集，专门用于蛋白质序列比对和结构预测。它利用HMM（隐马尔可夫模型）在大规模蛋白质数据库中进行高效搜索，帮助科研人员揭示蛋白质的三维结构、功能及进化关系。 技术分析 HH-suite 的核心算法是基于 HMM-HMM 的比对方法，即...
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蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取
lafsca5的博客
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Prettybritany的博客
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Protein binding residues-NucBind（SuHong）
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10-25 618
2020.3.12讲解日志 文献： Improving the prediction of protein–nucleic acids binding residues（蛋白质-核酸结合残基） via multiple sequence profiles（多序列预测） and the consensus of complementary （互补方法的一致性）method（改进蛋白质-核酸结合残基的...
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05-31
PSSM（Position-Specific Scoring Matrix，位置特异性打分矩阵）是一种用于描述蛋白质序列中每个位置上各种氨基酸出现的频率的矩阵。它是通过对多个同源蛋白质的比对结果计算得到的。PSSM矩阵中的每个元素表示一个氨基酸在序列某个特定位置上出现的概率，这个概率是通过比对多个同源蛋白质中该位置上出现不同氨基酸的频率计算得到的。 PSSM矩阵常用于蛋白质序列的结构和功能预测。可以使用PSSM矩阵作为输入特征来训练和预测蛋白质的结构和功能。此外，PSSM矩阵还可以用于预测蛋白质的疏水性、稳定性以及蛋白质与其他分子（如DNA、RNA和蛋白质）的相互作用等。 总之，PSSM矩阵是一种用于描述蛋白质序列中氨基酸出现频率的矩阵，可以用于蛋白质结构和功能预测以及其他生物信息学任务。
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