2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

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• 5.3 寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLAST
  • PAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：
    • BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。
  • PSI-BLAST
    • 更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。
    • 比对的5个步骤：
      • 使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中进行搜索（同常规BLASTP）
      • 基于成分的统计数据从起始搜索的结果中构建一个多序列比对，基于该多序列比对，构建专门的、个体化的搜索矩阵（或者叫谱profile）
      • 得到的位置特异性打分矩阵（PSSM）会被用来进行再一次搜索
      • PSI-BLAST对数据库匹配的统计显著性进行评估。
      • 以上搜索被重复迭代，一般迭代五次。
      • 图例：得到的位置特异性