lammps教程：data文件错位解决办法

大家好，我是小马老师。
本文讲解lammps data文件错位处理技巧。
在MS建模后，需要使用msi2lmp把car类型的文件转为lammps data文件，有时候模型在ms中显示没有问题，但是转换为data文件后结构会错位。
正常结构：

转换data后错位结构：

主要原因是在转换过程中，整体结构沿z方向发生了偏移，之前介绍过一个方法，在转换的时候可以加shift参数进行上下调整：

msi2lmp layer -class I -frc cvff -shit 0 0 -20 >data.layer

不少同学反映，shift参数不好掌握，所以，本文再提供另外一种在lammps中调整结构的方法。
使用的命令是displace_atoms，displace_atoms命令可在三个方向任意移动原子。
具体的方法：
（1）确定移动的距离
在ovito打开转换后的data文件，如下图所示，红框内的结构应该在最下面，把鼠标放到红框内左下角的原子，ovito窗口的左下角会显示该原子的坐标。

在本例中，原子z坐标为66，如果要把红框内原子移动到下方，大约需要向下移动66埃米。
（2）下移
确定好尺寸之后，就可以写in文件，读入data文件，然后下移66埃米。

units real
boundary p p p
atom_style full
pair_style lj/cut/coul/long 12
bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style harmonic
kspace_style pppm 1e-4
read_data layer.data
displace_atoms all move 0 0 -66 units box
write_data new.data

运行in文件后，会得到新的结构new.data，在ovito中打开new.data，检查结构是否符合预期，如果移动距离偏大或偏小，再进行微调。
调整后的新结构为：

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公众号：lammps加油站