lammps_jiayou的博客

基本原理是调用ovito软件包中的TachyonRenderer模块，该模块可实现Tachyon渲染，达到和ovito 2.9 Tachyon完全相同的效果。这种方法在后来的ovito版本中已经不能使用，但是ovito 2.9版本在后处理方面功能较少，使用起来也不是特别方便。在之前的推文中，曾介绍过使用ovito 2.9版本更换Tachyon渲染器实现高清图片的输出。这个方法只需要配置ovito模块即可，完全免费，不需要购买ovito pro版。具体的配置参数可到ovito官网查询。大家好，我是小马老师。

如果dump文件是用dump custom 加通配符星号(*)输出的，文件名除了步数不同，其余部分是相同的，如：frame.0.dump, frame.1000.dump, frame.2000.dump。如果文件名没有规律，或者位于不同的文件，也可以新建一个文件列表file_list，把所有的文件全部输入到列表中，import_file()命令读入列表即可实现加载所有文件。在前面的文章中，介绍过python ovito可以把一个dump文件按帧拆分为多个dump文件。这种情况，可使用通配符读入所有文件。

但是，以上代码没有区分原子类型，计算的是所有原子的rdf，如果需要计算特定原子之间的rdf，可在CoordinationAnalysisModifier（）中设定“partial=True”。在以前专栏文章中，介绍过python ovito计算rdf的方法，使用到的命令为CoordinationAnalysisModifier（）。模拟完成后，rdf.txt包含多列数据，第二行也给出了具体列对应的数据，1-1表示中心原子为1，周围原子为1出现的概率，也就是1 1的rdf。公众号：lammps加油站。

rdf的数据一般是在lammps模拟中使用compute rdf命令计算出来，如果在模拟时没有写rdf代码，模拟完成后也是可以补救的。

本文介绍如何使用python ovito模块输出lammps模拟体系的角度分布。

默认的命令仅计算当前帧的键长分布，添加TimeAveragingModifier()可对所有帧的键长分布进行统计平均，最终的结果输出到bond-length-distr.txt文件。python ovito模块中有个BondAnalysisModifier功能，可以分析键长和键角的分布，和ovito pro版本的键角分析功能是一样的。

ovito不仅提供了图形界面处理方法，也提供了python接口模块（OVITO Python Module），可以在python代码中调用ovito的分析功能，更加灵活方便。

ovito一共有两个版本：免费的basic和收费的pro版本，在免费的版本中，仅包含一种图片渲染方法：OpenGL，这种方法导出的图片不是很清晰。

本文介绍ovito计算并输出原子配位数的方法。ovito提供了Voronoi分析方法，可以分析原子的配位数、原子体积，也可以进行多面体分析。

Ovito CNA模块可以分析不同时刻的晶体结构，但是在ovito软件中的分析结果不方便直接绘图输出，因此本文给出一个python脚本，运行之后可以直接绘制不同晶体结构的比例图。

绘制应力应变的方法有很多，常规的做法是把数据文件拖入到origin绘图，还有一个简单的方法是使用python脚本，在模拟完成后，直接运行一下脚本就能得到应力应变曲线，可以快速的观察运行结果。

本文继续介绍使用python编程处理lammps模拟数据。在前面文章已经介绍python绘制应力应变曲线的程序。

ovito DXA模块可以分析位错类型并给出了每条位错线的长度，可以通过导出分析结果的方法汇总位错线长度。这种方法比较繁琐，使用python小程序统计位错线就简单多了。