Circos了解一下?~

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Circos是什么

Circos (http://circos.ca) 基于perl开发,最早是用于基因组学领域的研究结果呈现,目前越来越多的用于很多其他行业和领域。官网内容大概已经停更了6-7年,访问速度也很慢,但是确定的是这个软件还活着,它有活跃的用户社区,最近的版本更新是在2019年,所以准备下手的童鞋可以先不用当心它已经过时。

所有figure中最sexy的就它了

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▲上下滑动查看更多;更多见官网

为什么选Circos

我们做功能连接的时候会加一个简易的circos图,展示node和node之间或者network和network之间的连接,这样的图matlab/python/R都能实现,发paper也没问题,但是还是觉得不如circos高大上。

MatlabcircularGraph可以做出这样的效果,但它很丑,可能是配色的问题,饱和度太高。

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Pythonnetworkx可以做成这样,我曾想把直线掰弯,发现难度太大~

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spring layout

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其实Rigraph已经好很多了

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想展示更多的统计信息,比如每一个node的activiation, degree等信息,使用以上这三个package实现,无异于自己造轮子。R里的两个工具circlizeRcircos可以生成和circos类似的图片,还有基于circlize的懒人包shinycircos,直接上传数据,调整参数即可作图。

shinycircos

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虽然R这几个工具可以直接在R中调用非常诱人,而且几乎可以实现所有circos的功能,但是总觉得可能在灵活性上会有所欠缺,而且都是零基础入门,最终还是决定入坑circos。可能还有一部分原因是Circos的官网有毒。

安装

安装会劝退90%的非刚需用户,特别是用window系统的。Window不是安装不了[几年前成功过e2d416628e9cf8a3e994670cfacfd20f.png],只不过玄机太多,可能会浪费太多时间。Macos用homebrew是最快捷的安装方式,但是由于官网的教程一部分已过时,安装过程问题不断,以下流程2020年亲测有效。Linux也可以用brew进行安装,是不是最简单,能不能成功不得而知。

1. 升级homebrew

git -C "/usr/local/Homebrew/Library/Taps/homebrew/homebrew-core" fetch --unshallow
brew update

2. 因为系统升级了big sur,这里需要安装最新的xcode

sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools
sudo xcode-select --install

3. 安装perl语言和配置环境

brew tap brewsci/bio
brew remove gd
brew install gd
brew install cpanminus
sudo chown "$USER":admin /Library/Perl/5.28 # perl的版本是5.28
cpanm Config::General Font::TTF::Font Math::Bezier Math::VecStat Readonly Set::IntSpan Text::Format


# cpanm --force GD::Polyline 会报错,需要先安装pkg-config
brew install pkg-config
cpanm --force GD::Polyline

4. 安装circos

用brew install circos安装,circos用不了

brew install --build-from-source circos
brew test circos #测试是否可用

5. 为circos建立一个快捷命令,方便以后直接调用

alias circos=/usr/local/Cellar/circos/0.69-9/bin/circos

6. 试试能不能用

circos -conf test.conf

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然后就可以愉快地画圈圈了

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CIRCOS 是用于可视化循环图的软件工具。如果你想从零开始学习 CIRCOS,以下是一些步骤和资源可以帮助你入门: 1. 了解 CIRCOS:首先,你需要了解 CIRCOS 的基本概念和用途。CIRCOS 主要用于可视化循环数据,如基因组比对、染色体相互作用等。你可以阅读官方网站(http://circos.ca/)上的文档,了解其功能和使用方式。 2. 安装 CIRCOS:在学习 CIRCOS 之前,你需要在你的计算机上安装 CIRCOS。官方网站上有详细的安装指南,根据你的操作系统选择适合的安装方法。 3. 学习语法和配置文件:CIRCOS 使用自己的配置文件来定义图表的外观和数据的呈现方式。你需要学习 CIRCOS 的语法和配置文件结构。官方网站提供了详细的文档和示例,你可以按照文档逐步学习和实践。 4. 练习使用示例:CIRCOS 官方网站上提供了许多示例配置文件和数据,你可以下载并尝试运行这些示例。通过实际操作,你可以更好地理解和掌握 CIRCOS 的使用方法。 5. 探索其他资源:除了官方网站,你还可以寻找其他学习资源,如教程、博客文章和视频教程。这些资源可以帮助你更深入地了解 CIRCOS 的高级功能和应用场景。 总的来说,学习 CIRCOS 需要一定的时间和实践经验。通过阅读文档、尝试示例和不断练习,你可以逐步掌握 CIRCOS 的使用技巧,并能够创建出令人满意的循环图可视化效果。祝你学习顺利!

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