Circos了解一下?~

Circos是什么

Circos (http://circos.ca) 基于perl开发，最早是用于基因组学领域的研究结果呈现，目前越来越多的用于很多其他行业和领域。官网内容大概已经停更了6-7年，访问速度也很慢，但是确定的是这个软件还活着，它有活跃的用户社区，最近的版本更新是在2019年，所以准备下手的童鞋可以先不用当心它已经过时。

所有figure中最sexy的就它了

▲上下滑动查看更多;更多见官网

为什么选Circos

我们做功能连接的时候会加一个简易的circos图，展示node和node之间或者network和network之间的连接，这样的图matlab/python/R都能实现，发paper也没问题，但是还是觉得不如circos高大上。

Matlab的circularGraph可以做出这样的效果，但它很丑，可能是配色的问题，饱和度太高。

Python的networkx可以做成这样，我曾想把直线掰弯，发现难度太大~

spring layout

其实R的igraph已经好很多了

但是想展示更多的统计信息，比如每一个node的activiation, degree等信息，使用以上这三个package实现，无异于自己造轮子。R里的两个工具circlize和Rcircos可以生成和circos类似的图片，还有基于circlize的懒人包shinycircos，直接上传数据，调整参数即可作图。

shinycircos

虽然R这几个工具可以直接在R中调用非常诱人，而且几乎可以实现所有circos的功能，但是总觉得可能在灵活性上会有所欠缺，而且都是零基础入门，最终还是决定入坑circos。可能还有一部分原因是Circos的官网有毒。

安装

安装会劝退90%的非刚需用户，特别是用window系统的。Window不是安装不了[几年前成功过]，只不过玄机太多，可能会浪费太多时间。Macos用homebrew是最快捷的安装方式，但是由于官网的教程一部分已过时，安装过程问题不断，以下流程2020年亲测有效。Linux也可以用brew进行安装，是不是最简单，能不能成功不得而知。

1. 升级homebrew

git -C "/usr/local/Homebrew/Library/Taps/homebrew/homebrew-core" fetch --unshallow
brew update

2. 因为系统升级了big sur，这里需要安装最新的xcode

sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools
sudo xcode-select --install

3. 安装perl语言和配置环境

brew tap brewsci/bio
brew remove gd
brew install gd
brew install cpanminus
sudo chown "$USER":admin /Library/Perl/5.28 # perl的版本是5.28
cpanm Config::General Font::TTF::Font Math::Bezier Math::VecStat Readonly Set::IntSpan Text::Format


# cpanm --force GD::Polyline 会报错，需要先安装pkg-config
brew install pkg-config
cpanm --force GD::Polyline

4. 安装circos

用brew install circos安装，circos用不了

brew install --build-from-source circos
brew test circos #测试是否可用

5. 为circos建立一个快捷命令，方便以后直接调用

alias circos=/usr/local/Cellar/circos/0.69-9/bin/circos

6. 试试能不能用

circos -conf test.conf

—然后就可以愉快地画圈圈了—

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