达拉斯全生命周期脑研究数据集 (n=464,OpenNeuro可获取)

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对于从事数据挖掘的人来说,这个数据集应该并不陌生。相比于保存在 INDI 和其他地方的版本,OpenNeuro 上的 DLBS 数据集采用了 BIDS 格式,便于处理和分析,并且可以看到目前是有人在更新和维护的。

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获取地址:doi:10.18112/openneuro.ds004856.v1.0.1

数据集简介

Dallas Lifespan Brain Study (DLBS) 是一项始于2008年的长期、多模态神经影像学研究,主要探讨老龄化对大脑的影响。该数据集涵盖了三次数据采集,间隔约4-5年,年龄范围从20岁到90岁。DLBS数据集包含了多种成像技术,如结构性MRI、弥散性MRI、功能性MRI,以及认知和社会心理评估。此外,还进行了淀粉样蛋白和Tau蛋白的PET成像,这是最早将PET成像应用于认知衰老研究之一,特别是使用AV-1451探测Tau病理变化。该研究不仅是探讨脑老化MRI指标的先驱之一,还深入研究了与阿尔茨海默病相关的PET生物标志物,并且通过长期追踪提供了完整的成年生命周期认知变化数据。数据集还包含了与个体差异、认知测试及健康心理调查等相关的广泛信息,为脑老化机制的深入研究提供了重要资源。

DLBS 数据集的详细信息可以参考相关的文献以及一份名为“Keys to the Kingdom”的详细文档,其中包括数据采集方法、变量编码和数据处理过程的全面描述。

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以下是基于OpenNeuro的简要信息:

任务态fMRI

在 Dallas Lifespan Brain Study (DLBS) 中,任务态 fMRI 包含多个实验任务,具体如下:

1. 场景任务(Scenes Task)

  • 任务目标:评估参与者在无意编码(incidental encoding)过程中大脑对视觉场景的处理,以及这种处理与记忆表现的关系。

  • 任务流程:

    • 参与者观看户外景观图片,并判断每张图片中是否有水,按下“是”或“否”按钮进行回应。

    • 共展示96张图片,分为3个 run(每个 run 32张图像),每张图片展示3秒,试验间隔时间(ITI)随机设置在4到14秒之间。

    • 在扫描后大约20分钟,参与者完成离线识别测试,识别192张图片(96张先前见过的目标图片和96张匹配的诱饵图片)。参与者根据记忆作出以下三种判断:“高信心记得”、“低信心记得”或“新图像”。

  • 任务时长:每个 run 约20分钟。


2. 词语任务(Words Task)

  • 任务目标:通过语义判断,研究不同难度和歧义水平下大脑的激活情况。

  • 任务流程:

    • 参与者被展示128个词语,这些词语分为“容易”(64个非歧义词)和“困难”(64个歧义词)两种类别。参与者需要根据词语的语义判断该词是否为“生物”(例如,"海象")或“非生物”(例如,"卡车")。

    • 每个词语显示2.5秒,随后有0.5秒的固定间隔(交叉符号)。

    • 实验使用块设计(block design),包含8个容易词块和8个困难词块,每个块有8个词,词块顺序随机排列。此外,包含三个24秒的固定间隔块作为基线。

  • 任务时长:整个实验时长为7.7分钟。


3. 腹侧视觉任务(Ventral Visual Task)

  • 任务目标:评估大脑对不同视觉刺激(如人脸、动物脸、房屋等)的神经选择性,并研究随着年龄增长的神经去分化现象。

  • 任务流程:

    • 参与者观看7种类别的灰度图像:人脸、灵长类动物脸、家猫脸、野猫脸、房屋、椅子和相位打乱的控制图像(scrambled stimuli)。每个类别包含64张图像,除家猫和野猫类别外,每类图像都统一为400 x 300像素大小。

    • 图像按块设计展示,每个块持续16秒,每张图像显示2秒。每个类别有8个块,分布在两次 run 中,每个 run 包含4个块。块的顺序在每个参与者之间随机化,以最小化顺序效应。

  • 任务时长:每个 run 持续6分58秒,总共两次 run。


4. 静息态 fMRI

  • 任务目标:评估在没有明确任务要求下大脑各区域的自发活动及其功能连接。

  • 任务流程:

    • 参与者在扫描过程中保持静止,不执行任何特定任务,持续6分14秒,晚期扫描的静息态数据增加为两次 run。

认知测验

在认知和心理健康评估中,DLBS 还使用了多种认知测试与量表,涵盖六大认知建构,具体包括:

  • 处理速度:数字比较(Digit Comparison)、WAIS-III 数字符号替代测验、NIH Toolbox 模式比较处理速度测试。

  • 工作记忆:

    • CANTAB 空间工作记忆(CANTAB Spatial Working Memory)

    • WAIS-III 字母数字序列任务(WAIS-III Letter Number Sequencing Task)

    • 操作跨度任务(Operation Span Task)

    • NIH Toolbox 列表排序任务(List Sorting)

    • CANTAB 延迟匹配任务(CANTAB Delayed Matching to Sample Task)

    • CANTAB 空间识别记忆任务(CANTAB Spatial Recognition Memory Task)

  • 情景记忆:Hopkins 语言学习测试(即时与延迟)、CANTAB 言语识别记忆、Woodcock-Johnson 名字记忆、Wechsler 记忆量表逻辑记忆、NIH Toolbox 图片序列记忆测试。

  • 推理能力:Raven 矩阵推理、ETS 字母集任务、CANTAB 剑桥库存任务(CANTAB Stockings of Cambridge)、日常问题解决任务。

  • 词汇量:ETS 高级词汇、Shipley 词汇测试、CANTAB 命名任务、NIH Toolbox 阅读认知识别测试、NIH Toolbox 词汇量测试。

  • 言语流利性:FAS 控制口头词汇联想任务和类别联想任务。


Surveys 数据

此外,在每一轮数据采集中,研究者通过不同方式(第1轮为认知测试后的现场调查,第2-3轮为线上调查)收集了参与者的健康状况、心理健康和社会心理相关的详细信息。具体包括以下几个主要领域:

  • 身体健康:

    • 健身调查(Fitness Survey)

    • SF-36 健康调查

    • 血压测量

    • NIH Toolbox 运动评估(Motor Assessment)

  • 心理健康:

    • 老年抑郁量表(Geriatric Depression Scale)

    • 流行病学研究中心抑郁量表(CESD)

    • 阿尔茨海默病认知亚量表(ADAS-Cog)

  • 社会心理:

    • Martin and Park 环境需求问卷(MPED Questionnaire)

    • 日常活动问卷(Daily Activities Questionnaire)

    • 终生认知活动问卷(Lifetime Cognitive Activities)

    • 认知需求量表(Need for Cognition Survey, NFC)

    • 成年期记忆测评(Metamemory in Adulthood, MIA)

    • 自我概念清晰度问卷(Self-Concept Clarity Survey, SCC)

    • 生活满意度量表(Satisfaction with Life Scale)

    • 修订后的神经质-外向性-开放性人格量表(NEO-PI-R)

    • 大五人格问卷(Big 5 Inventory)

    • 情绪测量(NIH Toolbox Emotion Measures)

    • 正负体验量表(Scale of Positive and Negative Experience, SPANE)

    • 心理健康评估(Psychological Well-being, SWQ)

这些调查工具涵盖了从身体健康到心理健康再到个体的社会心理特质,提供了全面的参与者健康与心理状态的信息。



PET 数据

DLBS 还包括了基于正电子发射断层扫描(PET)的淀粉样蛋白和 Tau 蛋白成像数据,以研究与阿尔茨海默病相关的病理变化:

  1. PET-淀粉样蛋白成像(PET-Amyloid Data):

  • 研究采用了放射性配体 18F-AV-45(florbetapir),用于检测大脑中与阿尔茨海默病相关的 β-淀粉样蛋白 的积累。

  • 数据集中提供了八个关键脑区的标准化摄取比值(SUVRs),这些区域包括:前扣带回、后扣带回、外侧前额叶、眶额叶、楔前叶、外侧顶叶、外侧枕叶和外侧颞叶。

  • 使用小脑整体作为参考区,计算这些区域的 SUVR 值。

PET-Tau 成像(PET-Tau Data):

  • 在数据收集的第2轮和第3轮,使用了放射性配体 18F-AV-1451(flortaucipir) 来检测 Tau 蛋白的积累,这是阿尔茨海默病的一种重要标志。

  • 数据提供了一个“时间相关的汇总区域”(temporal meta region)的 SUVR 值,这个区域包括了下颞叶、中颞叶、内嗅皮质、海马旁回、梭状回和杏仁核,专门用于检测 Tau 的积累。

  • 计算 Tau 成像时也使用了小脑整体作为参考区域。

这些 PET 数据为研究大脑老化过程中阿尔茨海默病相关病理的体内成像提供了关键的生物标志物。


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