多体素模式分析(MVPA)和表征相似性分析(RSA)

最新推荐文章于 2023-06-30 17:11:27 发布
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分类专栏： fmri mvpa 文章标签： 大数据
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一、学习资源

二、MVPA分析工具——pronto

1.下载安装 

2.参考视频地址

3.基本步骤

(一)Data&Design

(二)Prepare feature set 准备特征集

(三)确定并且跑一个模型

(四)看结果

(五)检测哪些特征对模型的建立提供了更多的信息

三、MVPA和RSA的应用场合

1.MVPA

2.RSA

一、学习资源

  1. RSA学习链接1
  2. https://www.zhihu.com/question/268530028

二、MVPA分析工具——pronto

1.下载安装 

github下载地址http://www.mlnl.cs.ucl.ac.uk/pronto/prtsoftware.html

2.参考视频地址

https://www.youtube.com/watch?v=oRrkuvb5bN4&t=919s

3.基本步骤

(一)Data&Design

 

1.新建一个结果文件

2.加入结果文件路径

3.添加分组

添加被试

给要跑的模态数据起一个名字：fmri（随便取，不重要）

加载数据信息的存储文件（数据信息已经存在了spm.mat——使用SPM进行了first-level分析之后会有这个文件）

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PythonRSA:使用 fMRI 数据计算和绘制 RSA 分析
05-31
RSA Python 文档 RSA Python 对功能磁共振成像 (fMRI) 数据执行表征相似性分析 (RSA)。 该分析遵循 Nikolaus Kriegeskorte、Marieke Mur 和 Peter Bandettini（2008 年）在描述的原则。 这是马斯特里赫特大学认知神经科学系 Pia Schroeder、Amelie Haugg 和 Julia Brehm 在 Thomas Emmerling 的监督下进行的项目工作的结果。 表征相似性分析 软件要求 文件格式 条件列表 选项 一阶分析 二阶分析 输出 代表性相似性分析 RSA 使用 fMRI 数据中的活动模式来比较不同刺激条件和方式（例如，不同的成像技术）中的表示。 它允许从实际测量中抽象为代表性差异矩阵 (RDM)，可用于推断不同模式、模型、大脑区域、受试者和物种之间的关系。 因此，它克服了系统神经科学中常见
脑功能影像分析之多体素模式识别（MVPA）（一）
qq_27273607的博客
03-20 2011
来源于网站 carney institute for brain science 脑功能影像分析之多体素模式识别 一 数据集介绍 数据集下载 此文件夹包含以下内容： raw data for the 8 runs (run#.nii) pre-processed data for the 8 runs (run#.preproc.nii) stimulus timing files (stimuli.block.onsets.1D) ROI mask (final.mask.nii) training da
干货 | 实用指南之fMRI表征相似性分析
weixin_40052256的博客
04-28 1013
自RSA被引入人类成像领域以来，使用RSA或其他多变量技术的出版物数量稳步增长。RSA在将该领域从区域内定位推进到理解这些区域如何表征信息方面特别有用。 尽管我们仍然对神经活动如何驱动多体素活动模式的大规模差异知之甚少，但RSA是弥合人类fMRI和动物模型中侵入性记录研究之间差距的宝贵工具。 RSA现在也开始应用于记忆和头皮EEG研究，这表明RSA是一种高度灵活的分析技术。在未来，希望继续使用RSA和其他多变量技术来增强我们对思维和大脑的理解。
使用基于python的neurora进行表征相似性分析（RSA）
zjh12312311的博客
01-05 1613
发现了一款用于表征分析的Python API，还是挺方便的，这里简单介绍一下进行表征相似性分析的使用方法。
MVPA
weixin_42100106的博客
10-26 3005
在本文中，我们描述了这两种基于分类器的组级解码策略与人工和真实fMRI数据集所提供结果的比较。 。第2节介绍了我们的方法，包括针对两个小组级策略的多元分析管道，以及对真实数据集和人工数据集生成模型的描述。第三部分包括定性和定量两种方法对这两种数据获得的结果的比较。 数据在训练集和测试集之间分配，在训练集上学习分类器，并在测试集上评估其泛化性能（通常以分类准确性衡量）。如果结果证明该准确性高于偶然水平，则意味着该算法已识别出数据中的特征组合，以区分与不同实验条件相关的功能模式。换句话说，这表明输入模式包含有关
使用ProNTo工具分析fMRI数据，进行MVPA操作（基于MATLAB）
Doris.Liu的博客
06-30 612
使用基于MATLAb的工具对fMRI数据进行MVPA
应用支持向量机对婴儿EEG数据进行多元模式分析
u011661076的博客
04-06 1083
文章来源于微信公众号（茗创科技），欢迎有兴趣的朋友搜索关注。 导读 时间分辨多元模式分析(MVPA)是分析脑磁图和脑电图(M/EEG)神经成像数据的常用技术，它量化了神经表征支持相关刺激维度识别的程度和时间进程。随着EEG在婴儿神经成像研究中的广泛应用，婴儿EEG数据的时间分辨MVPA是一种特别有前景的婴儿认知神经科学工具。近年来，MVPA已被应用于常见的婴儿成像方法，如EEG和fNIRS。在本教程中，研究者提供了用婴儿EEG数据实现MVPA的代码，并且提供了使用线性支持向量机(SVM)分类器实现MVP
肯德尔系数怎么分析_综述阅读分享|社会神经科学的表征相似性分析指南
weixin_39833763的博客
12-23 970
由于申请季实在太忙所以搁置了，太久时隔3个月，公众号终于再次更新啦。这次的内容是一篇文献分享，文章是今年年初发表在《Social Cognitive and Affective Neuroscience》上的一篇综述：这篇文章对RSA的方法的使用介绍很清晰、精炼，所以路同学选择从中抽取了自认为关键的部分进行了翻译与整理，希望能让不仅仅是做社会神经科学研究以及其他认知神经科学领域的同学对R...
mvpa:用于功能磁共振成像数据的Multivoxel模式分析（MVPA）工具
03-29
mvpa是用于fMRI数据的多体素模式分析（MVPA）工具。 它允许用户识别包含多变量表示的大脑区域，从中可以解码出一对条件。 这类似于nilearn提供的 集，但它基于逐个体素关联而不是SVM分类。 与SVM探照灯所需的时间...
ICON2017：ICON 2017 hackathon“ Python中的fMRI数据的多体素模式分析（MVPA）”存储库
02-04
这是最初在 2017上提供的fMRI数据的fMRI数据的多体素模式分析（MVPA）的网站。材料和数据将保持在线状态，以便有兴趣的所有人都可以参加。 此外，所有资料都是完全开源的，因此可以随意重用和修改此研讨会的资料以...
MVPA安装包
12-02
MVPA,用在matlab里，分析大脑数据用，懂的人下。
matlab数据光滑代码-fMRI_MVPA:使用支持向量机分类和回归的多体素模式分析（全脑探照灯）
05-22
使用支持向量机分类和回归的全脑探照灯多体素模式分析（MVPA） 随附的MATLAB代码使用SPM12（或SPM8;）进行功能磁共振成像（fMRI）数据预处理和常规线性模型（GLM）分析。 分析管道 fMRI数据预处理：...
cat12工具箱。将主要关注基于体素的形态计量学(VBM)分析工具箱
08-03
猫12工具箱提供了全面的预处理和分析流程，确保了VBM分析的准确性和可靠性。以下是一些关键功能： 1. **图像预处理**：包括头部运动校正、非均匀性校正、空间标准化和分割。 2. **统计分析**：采用统计参数映射...
MVS多视图三维重建-传统体素（集合）
最新发布
08-27
MVS多视图三维重建--传统体素（集合） MVS多视图三维重建--传统体素（集合） MVS多视图三维重建--传统体素（集合）MVS多视图三维重建--传统体素（集合） MVS多视图三维重建--传统体素（集合） MVS多视图三维重建--...
矩阵相似代表着什么_代表性相似性分析
weixin_26632369的博客
07-21 1890
矩阵相似代表着什么TL;DR: In today’s blog post we discuss Representational Similarity Analysis (RSA), how it might improve our understanding of the brain as well as recent efforts by Samy Bengio’s and Geoffrey ...
资源分享 | 利用机器学习进行高级MRI分析
u011661076的博客
10-10 1011
BrainIAK中目前包含了多种技术：主体间相关(ISC)和主体间功能连接(ISFC)，通过共享响应模型(SRM)的功能对齐，全相关矩阵分析(FCMA)，贝叶斯版本的表征相似性分析(BRSA)，使用隐马尔可夫模型的事件分割，地形因子分析(TFA)，反向编码模型(IEMs)，实时动态磁共振成像，使用真实数据噪声特征的fMRI数据模拟器(fmrisim)，以及一些新兴方法。统计模式识别是机器学习中的一个领域，它涉及通过使用计算机算法自动发现数据中的规律，并利用这些规律来采取行动，例如将数据分类成不同的类别。
悦影科技—脑影像数据MVPA和机器学习分析服务
悦影科技
05-05 471
近些年来，机器学习及大数据成为各行各业的热门。如今机器学习及python的编程已经出现在很多小学生的课本中，甚至成为一些学校的必修课程。目前，由谷歌公司开发的深度学习模型，能够对糖尿病视网膜病变做出快速准确的诊断，其诊断能力等于甚至超过了有经验的眼科医生[https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2588763]。由国内的开发者开发的中枢神经系统肿瘤的诊断模型，其对常见的中枢神经系统肿瘤的诊断能力无论是速度还是准确度都远远超出了人类。 回到神经影像领
EEG频谱模式相似性分析:实用教程及其应用(附代码)
悦影科技
07-11 694
人脑通过神经激活模式编码信息。虽然分析神经数据的常规方法侧重对大脑(去)激活状态的分析，但是多元神经模式相似性有助于分析神经活动所代表的信息内容。在成年人中，已经确定了许多与表征认知相关的特征，尤其是神经模式的稳定性、独特性和特异性。然而，尽管随着儿童时期认知能力的增长，表征质量也逐步提高，但是发育研究领域特别是在脑电图(EEG)研究中仍然很少使用基于信息的模式相似性方法。在这里，我们提供了一个全面的方法介绍和逐步教程——频谱脑电图数据的模式相似性分析，包括一个公开可用的资源和样本数据集的儿童和成人的数据。
如何更好地测量神经网络表示相似性
weixin_30455023的博客
05-21 984
近期很多研究试图通过对比神经网络表示来理解神经网络的行为。谷歌大脑 Simon Kornblith、Geoffrey Hinton 等人的一项新研究引入了 centered kernel alignment (CKA) 作为相似性指数，并分析 CKA、线性回归、典型相关分析（CCA）等相关方法之间的关系，证明 CKA 优于其他相似性指数。 在机器学习的很多任务中，深度神经网络可以自动从数...
基于体素的形态学分析VBM
06-12
基于体素的形态学分析（Voxel-based morphometry，VBM）是一种常用的MRI图像处理方法，用于比较不同人群或不同时间点的大脑结构差异。VBM基于体素（Voxel）级别的分析，通过将脑图像分割成小的立方体（voxel），并且在每个voxel上计算灰质、白质和脑脊液的密度来确定大脑结构的差异。 VBM方法在形态学分析中的应用通常包括以下步骤： 1. 图像预处理：包括图像校正、去噪、插值和分割等步骤，以便于后续的分析和比较。 2. 图像配准：将不同个体或不同时间点的图像配准到同一坐标空间中，以便于比较不同个体或不同时间点的结构差异。 3. 灰质、白质和脑脊液分割：将图像中的灰质、白质和脑脊液等组织分割出来，以便于计算各个组织的密度。 4. 体素级别的统计分析：在每个voxel上计算灰质、白质和脑脊液的密度，并将其与参考组进行比较，以确定不同组之间的结构差异。 5. 结果可视化：将统计结果可视化，以便于理解和比较。 基于体素的形态学分析是一种常用的MRI图像处理方法，可以用于比较不同人群或不同时间点的大脑结构差异，但其结果需要小心解释，因为有些差异可能是由于图像预处理的不同而导致的。

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