prodigal基因组转换蛋白序列linux上的实现

安装 prodigal

wget https://github.com/hyattpd/Prodigal/releases/tag/v2.6.3/Prodigal-2.6.3.tar.gz

tar -zxvf Prodigal-2.6.1.tar.gz   

make install INSTALLDIR=/where/i/want/prodigal/    

#INSTALLDIR指定安装目录，如果指定安装目录，记得安装目录添加进环境变量

 输入文件：病毒的基因组文件

 linux实现：

linux,for.py

import os
import subprocess
import sys

if __name__ == '__main__':
    input_dir = sys.argv[1]
    output_dir = sys.argv[2]
    for file_name in os.listdir(input_dir):
        command = ['prodigal', '-a', os.path.join(output_dir, file_name), '-p', 'meta', '-    i', os.path.join(input_dir, file_name)]
        subprocess.run(command)
#py实现功能，在linux上执行command命令：在linux上遍历输入文件夹，将其变成蛋白序列存入输出文件夹
#linux执行命令如下：
#python3 linux,for.py /data/penglab3-10T/fyang/GCN/MK/protein/in /data/penglab3-10T/fyang/GCN/MK/protein/out

输出文件：