2021常用单细胞数据库整理汇总

近几年，单细胞的研究蔚然成风，受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止，最全的单细胞线上数据库，可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析，也可以用作研究前期的数据探索。

 

 

 

单细胞数据库分类

 

 

1. Human Cell Landscape (HCL)

2. Human Cell Atlas (HCA )

3. Human Protein Atlas (HPA)

4. SC2disease

5. Cell BLAST

6. CellMarker

7. PanglaoDB

8. CancerSEA

 

 

单细胞数据库详情

 

 

 

 

01

Human Cell Landscape

 

Human Cell Landscape 

 

 

HCL是由浙江大学团队打造的人类细胞谱图平台，包含60种人体组织和7种细胞系的细胞，跨越胚胎和成年两个时期，涵盖八大系统的人类细胞图谱。该成果于2020年3月份发表于Nature，作者开发了scHCL单细胞比对系统，可帮助鉴定人类细胞类型。

其中几大功能介绍如下：

名称	功能介绍
Landscape	可对人体102种细胞类型进行可视化、也可以对细胞分组、筛选特定组织或基因进行可视化。
Gallery	可下载特征组织的单细胞的表达矩阵以及基因聚类分析的结果。
Search	可选择特定组织下的感兴趣基因，并获取该基因表达的柱状图和tSNE聚类图。
Run-scHCL	允许用户自行上传RNA表达矩阵(scRNA或bulk RNA都可以)，运行该模块后，可鉴定数据中的细胞类型，并提供交互式热图和csv文件结果。

 

 

02

Human Cell Atlas

 

        Human Cell Atlas 

 

人类细胞图谱(HCA)目前收录了33个组织，289个供体，共包含450，0000个单细胞测序数据，可呈现人体内不同组织下的细胞类型、数目、位置、以及彼此间的关联等。

 

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